När den portugisiske sjöfararen Diogo Cão nådde kungadömet Kongo i västra Centralafrika 1482, ökade kontakterna mellan Kongo och Portugal. Portugiserna skickade ett tekniskt biståndsuppdrag till Kongo, och 1491 döptes Kongokungen Nzinga Nkuwu till João I.
En av Joãos söner, Nzinga Mvemba, döptes till Affonso och vid faderns död 1506 tog han över Kongos tron. Därefter blev förbindelserna mellan Portugal och Kongo mycket mer aktiva. Missionärer, lärare, murare, snickare och militära rådgivare skickades till kung Affonso, som betalade för deras tjänster med slavar, koppar och elfenben. Det uppstod snart allvarliga problem, eftersom många av portugiserna föredrog att ägna sig åt handel – särskilt slavhandel – i stället för att utöva sitt hantverk. Portugisiska handelsetableringar på ön São Tomé störde också det kongo-portugisiska utbytet.
1512 begärde Affonso en strängare kunglig kontroll över de portugisiska medborgarnas verksamhet. Kung Manuel I beslutade om ett kungligt monopol på handel med Kongo, sände ett sändebud med jurisdiktion över alla portugisiska medborgare och lade fram en omfattande plan för ackulturering av Kongo som innebar att man skulle anta det portugisiska rättssystemet, feodala titlar och hovets etikett. Manuels instruktioner var i stort sett verkningslösa, och den portugisiska kolonin i Kongo var snart uppdelad mellan en kunglig fraktion och en fraktion som gynnade São Tomés intressen, där den sistnämnda fick allt större övertag. Slavhandeln blev den dominerande europeiska sysselsättningen; även om Affonso själv var involverad i denna verksamhet och inte motsatte sig den i princip, var han starkt förbittrad över handelsmännens urskillningslösa tillfångatagande av afrikaner, till och med medlemmar av Kongos adel.
Den portugisiska missions- och utbildningsverksamheten minskade. Antalet missionärer under Affonsos regeringstid tycks aldrig ha överstigit 10, som alla var bosatta vid hovet. En av Affonsos söner, Dom Henrique, studerade i Lissabon och Rom och tjänstgjorde som biskop i São Salvador, Kongos huvudstad, från 1520 till sin död 1526. Vid den tiden hade dock de störande effekterna av den portugisiska närvaron nått sådana dimensioner att Affonso dekreterade att alla européer utom missionärer och lärare skulle utvisas. Han tvingades dock återkalla sin order och nöja sig med att inrätta en inspektionsnämnd som skulle kontrollera alla handelstransaktioner som utfördes av utlänningar. Affonsos försök 1529 och 1539 att få stöd från Vatikanen genom att sända en delegation till Rom hade ingen egentlig framgång. Den ökande störningen av Kongos kungliga auktoritet kulminerade när åtta portugiser försökte skjuta Affonso i kyrkan på påskdagen 1540. I och med denna incident avslutades kung Affonsos regeringstid, även om det faktiska datumet för hans död inte är känt. Portugisiska fraktioner stödde rivaliserande utmanare om tronen, och en av Affonsos sonsöner, Diogo I, besteg så småningom tronen.
Kung Affonsos regeringstid lämnade bestående minnen i Europa och Afrika. Kongo förblev nominellt katolskt under det följande århundradet, och linjära härstamning från Affonso blev ett erkänt krav för tronföljd. Samtidigt krossades alla illusioner som kunde ha funnits på båda sidor om möjligheten till fredlig interaktion mellan de västeuropeiska och afrikanska kulturerna under kung Affonsos regeringstid, och ett förhållande som hade börjat på ett nästan idylliskt sätt försämrades på mindre än en generation till ett hänsynslöst utnyttjande av Afrika av européerna.