Nadat de Portugese zeevaarder Diogo Cão in 1482 het koninkrijk Kongo in West- Centraal Afrika bereikte, namen de contacten tussen Kongo en Portugal toe. De Portugezen zonden een missie voor technische bijstand naar Kongo, en in 1491 werd de Kongo-koning Nzinga Nkuwu gedoopt onder de naam João I.
Een van João’s zonen, Nzinga Mvemba, werd Affonso gedoopt en na de dood van zijn vader in 1506 nam hij de troon van Kongo over. Daarna werden de betrekkingen tussen Portugal en Kongo veel actiever. Missionarissen, leraren, metselaars, timmerlieden en militaire adviseurs werden naar koning Affonso gezonden, die voor hun diensten betaalde met slaven, koper en ivoor. Al snel ontstonden er ernstige problemen, omdat veel Portugezen liever handel dreven – vooral slavenhandel – dan hun ambachten uitoefenden. Portugese handelsvestigingen op het eiland São Tomé bemoeiden zich ook met Kongo-Portugese uitwisselingen.
In 1512 verzocht Affonso om strengere koninklijke controle op de activiteiten van Portugese onderdanen. Koning Manuel I vaardigde een koninklijk monopolie uit op de handel met Kongo, stuurde een gezant met jurisdictie over alle Portugese onderdanen, en diende een uitgebreid plan in voor de acculturatie van Kongo met inbegrip van de overname van het Portugese rechtssysteem, feodale titels, en hofetiquette. Manuel’s instructies waren grotendeels ondoeltreffend en de Portugese kolonie in Kongo werd spoedig verdeeld tussen een koninklijke factie en een factie die de belangen van São Tomé steunde, waarbij de laatste steeds meer de overhand kreeg. De slavenhandel werd de voornaamste Europese bezigheid; hoewel Affonso zelf bij deze activiteit betrokken was en er in principe geen bezwaar tegen had, nam hij het de handelaars zeer kwalijk dat zij zonder onderscheid Afrikanen, waaronder zelfs leden van de Kongo adel, meenamen.
De Portugese zendings- en onderwijsactiviteiten namen af. Het aantal missionarissen tijdens het bewind van Affonso schijnt nooit hoger te zijn geweest dan 10, allen woonachtig aan het hof. Een van Affonso’s zonen, Dom Henrique, studeerde in Lissabon en Rome en was bisschop van São Salvador, de hoofdstad van Kongo, van 1520 tot zijn dood in 1526. Tegen die tijd hadden de ontwrichtende gevolgen van de Portugese aanwezigheid echter zulke proporties aangenomen dat Affonso de uitwijzing van alle Europeanen, behalve missionarissen en leraren, uitvaardigde. Maar hij werd gedwongen zijn bevel in te trekken en zich tevreden te stellen met het instellen van een raad van inspecteurs om alle handelstransacties van buitenlanders te controleren. Affonso’s pogingen in 1529 en 1539 om Vaticaanse steun te verkrijgen door het zenden van een missie naar Rome, hadden geen echt succes. De toenemende verstoring van het Kongo koninklijk gezag bereikte zijn hoogtepunt met de poging van acht Portugezen om Affonso in de kerk dood te schieten op Paasdag 1540. Met dit incident kwam een einde aan de heerschappij van koning Affonso, hoewel de werkelijke datum van zijn dood niet bekend is. Portugese groeperingen steunden rivalen voor de troon, en een van Affonso’s kleinzonen, Diogo I, besteeg uiteindelijk de troon.
De heerschappij van koning Affonso liet in Europa en Afrika blijvende herinneringen na. Kongo bleef gedurende de volgende eeuw nominaal katholiek, en de afstamming van Affonso werd een erkende vereiste voor troonopvolging. Tegelijkertijd werden alle illusies die men aan beide zijden koesterde over de mogelijkheid van een vreedzame interactie tussen de culturen van West-Europa en Afrika in de regeerperiode van Koning Affonso aan diggelen geslagen; en een relatie die was begonnen op een quasi-idyllische noot, ontaardde in minder dan één generatie in de meedogenloze uitbuiting van Afrika door de Europeanen.