Washington sendte et hold af officerer fra det amerikanske luftvåben for at bistå Pakistanerne i efterforskningen, men de to parter nåede til meget forskellige konklusioner.
USA’s konklusionerRediger
Mrs. Ely-Raphel og brigadegeneral Wassoms enke fik begge af de amerikanske efterforskere at vide, at styrtet var forårsaget af et mekanisk problem, der var almindeligt for C-130’eren, og at en lignende hændelse var sket for en C-130’er i Colorado, som med nød og næppe havde undgået at styrte ned. Mahmud Ali Durrani gav også C-130’eren skylden, som han sagde historisk set havde haft problemer.
Robert Oakley, der afløste Arnold Raphel som USA’s ambassadør efter styrtet og hjalp med at håndtere efterforskningen, har også givet udtryk for dette synspunkt. Han har påpeget, at 20 eller 30 C-130’ere har været udsat for lignende hændelser. Han har identificeret den mekaniske fejl som et problem med hydraulikken i haleaggregatet. Selv om USAF-piloter havde håndteret lignende nødsituationer, var de pakistanske piloter mindre godt rustet til det, da de manglede C-130-erfaring og også fløj lavt.
Ronan Farrow anfører, at FBI havde en lovbestemt bemyndigelse til at undersøge hændelsen, men fik ordre af George Shultz til “at holde sig væk”. CIA undersøgte heller ikke sagen. Air Force-efterforskere, der havde været på nedstyrtningsstedet, udelukkede mekanisk svigt, men deres rapport blev ikke offentliggjort.
Pakistanske konklusionerRediger
Nogle uger efter styrtet blev et 27-siders resumé af en hemmelig 365-siders rapport offentliggjort af pakistanske efterforskere, hvori de sagde, at de havde fundet beviser for mulige problemer med flyets elevatorboosterpakke samt flossede eller knækkede styrekabler. En analyse foretaget af et amerikansk laboratorium fandt “omfattende forurening” med messing- og aluminiumpartikler i elevatorbooster-pakken, men i rapporten hed det, at “fejl i elevatorstyresystemet som følge af mekanisk svigt … er udelukket”. Rapporten citerede flyproducenten Lockheed for at sige, at “selv med det niveau af forurening, der blev fundet i systemet, har de normalt ikke oplevet andre problemer end slitage”.
Rapporten konkluderede, at forureningen af elevatorbooster-pakken i værste fald kunne have forårsaget en træg styring, der førte til overstyring, men ikke til en ulykke. I mangel af en mekanisk årsag konkluderede den pakistanske undersøgelse, at styrtet skyldtes en sabotagehandling. De fandt ingen afgørende beviser for en eksplosion på flyet, men sagde, at kemikalier, der kan anvendes i små sprængstoffer, blev påvist i mangofrø og et stykke reb, der blev fundet på flyet. De tilføjede også, at “brugen af et kemisk middel til at uskadeliggøre piloterne og dermed forevige ulykken derfor fortsat er en klar mulighed”.
Journalistisk undersøgelseRediger
Journalist og forfatter Mohammed Hanif, der blev leder af den urdu-sprogede tjeneste på BBC, fortalte den amerikanske journalist Dexter Finkins, at han, mens han arbejdede i London efter 1996, “blev opslugt” af at finde ud af, hvordan Zia blev dræbt. Hanif “foretog telefonopkald og undersøgte livet for dem omkring Zia” og forsøgte at vurdere mulige gerningsmænd – “CIA, israelerne, inderne, sovjetterne, rivaler inden for hæren”. Han erklærede, at han blev “mødt med tavshed”. “Ingen ville tale – ikke Zias kone, ikke ambassadørens kone, ingen i hæren…. Jeg indså, at jeg på ingen måde i helvede nogensinde ville finde ud af det.” Hanif skrev senere romanen A Case of Exploding Mangoes, som på humoristisk vis beskriver fire attentater, der alle finder sted samtidig. Attentaterne er en højtstående officer i den pakistanske hær, en fagforening på vegne af en fængslet embedsmand, en krage på vegne af en blind kvinde, der er fængslet for utugt efter en voldtægt, og sønnen til en hærofficer, der blev dræbt af Zia.