Stroessner protesterede mod præsident Federico Chávez’ planer om at bevæbne det nationale politi og smed ham ud af embedet ved et kup den 4. maj 1954. Efter et kort midlertidigt præsidentskab af Tomás Romero var Stroessner den eneste kandidat ved et særligt valg den 11. juli for at fuldføre Chávez’ mandatperiode. Han blev genvalgt syv gange – i 1958, 1963, 1968, 1973, 1973, 1978, 1983 og 1988. Han stod alene på stemmesedlen i 1958. Ved de øvrige valg vandt han med usandsynligt store marginaler; kun én gang (1968) fik en oppositionskandidat mere end 20 procent af stemmerne. Han sad i 35 år, og kun Fidel Castro havde en længere embedsperiode blandt det 20. århundredes latinamerikanske ledere; Castros embedsperiode som præsident var dog kortere med 32 år (1976-2008).
Snart efter sin tiltræden erklærede Stroessner belejringstilstand, hvilket gav ham mulighed for at suspendere de borgerlige frihedsrettigheder. Bestemmelserne om belejringstilstand gav regeringen mulighed for at arrestere og tilbageholde enhver på ubestemt tid uden rettergang samt forbyde offentlige møder og demonstrationer. Den blev forlænget hver 90. dag indtil 1987, bortset fra en kort periode i 1959. Selv om den teknisk set kun gjaldt for Asunción efter 1970, fastslog domstolene, at enhver, der blev anklaget for sikkerhedsforseelser, kunne bringes til hovedstaden og anklages i henhold til bestemmelserne om belejringstilstand – også selv om forseelsen fandt sted uden for hovedstaden. Bortset fra en periode på 24 timer på valgdage regerede Stroessner under det, der lignede undtagelsestilstand, i næsten hele sin embedsperiode. Han var en hengiven antikommunist, der bragte Paraguay ind i den verdensomspændende antikommunistiske liga og retfærdiggjorde sin undertrykkelse som en nødvendig foranstaltning for at beskytte landet.
Paraguay havde tætte militære og økonomiske bånd til USA og støttede USA’s invasion af Den Dominikanske Republik. Stroessner-regimet tilbød endda at sende tropper til Vietnam sammen med amerikanerne. USA spillede en “kritisk støttefunktion” i Stoessners Paraguay’s indre anliggender. Mellem 1962 og 1975 stillede USA 146 millioner dollars til rådighed for Paraguays militærregering, og paraguayanske officerer blev uddannet på US Army School of the Americas. Selv om militæret og sikkerhedsstyrkerne under Stroessner modtog mindre materiel støtte fra USA end andre sydamerikanske lande, var der stærke intermilitære forbindelser gennem militærrådgivere og militær træning. Mellem 1962 og 1966 blev næsten 400 paraguayanske militærpersoner uddannet af USA i Panama-kanalzonen og på amerikansk jord. De stærke paraguayansk-amerikanske forbindelser fortsatte, indtil Carter-regeringen lagde vægt på en udenrigspolitik, der anerkendte menneskerettighedskrænkelser, selv om der blev tildelt både militær og økonomisk bistand til den paraguayanske regering i Carters budgetter. Reagan-administrationen genetablerede mere hjertelige forbindelser på grund af Stroessners stærke antikommunisme, men i midten af 1980’erne afkøledes forbindelserne, hovedsagelig på grund af det internationale ramaskrig over regimets udskejelser samt dets involvering i narkotikasmugling og hvidvaskning af penge. I 1986 føjede Reagan-administrationen hans regime til sin liste over latinamerikanske diktaturer.
Som leder af Colorado-partiet udøvede Stroessner næsten fuldstændig kontrol over landets politiske scene. Selv om oppositionspartier nominelt blev tilladt efter 1962 (Colorado-partiet havde været det eneste lovlige parti i landet siden 1947), forblev Paraguay i alle henseender en enpartistat. Valgene blev i så høj grad manipuleret til fordel for Colorados, at oppositionen ikke havde nogen realistisk chance for at vinde, og oppositionsfolk blev udsat for forskellige grader af chikane. Desuden blev Stroessners Paraguay et tilflugtssted for nazistiske krigsforbrydere, herunder Josef Mengele, og ikke-kommunistisk fredelig opposition blev nedkæmpet. På grund af Stroessners affinitet med nazismen og det at huse nazistiske krigsforbrydere omtalte udenlandsk presse ofte hans regering som “den fattige mands nazistiske regime”.
Stroessners styre bragte mere stabilitet, end de fleste af landets nulevende indbyggere tidligere havde kendt til. Fra 1927 til 1954 havde landet haft 22 præsidenter, heraf seks alene fra 1948 til 1954. Det kom dog til en høj pris. Korruptionen var udbredt (Stroessner selv bestred ikke anklager om korruption på visse niveauer i hans regering), og Paraguays menneskerettighedssituation blev anset for at være en af de dårligste i Sydamerika. Under Stroessners regime blev anslået 3.000 til 4.000 mennesker myrdet, 400 til 500 mere “forsvandt”, og tusindvis af andre blev fængslet og tortureret.
Pressefriheden var også begrænset, uanset de forfatningsmæssige garantier. Ethvert ramaskrig om regeringens mishandling eller angreb mod Colorado-partiet ville resultere i ødelæggelse af medierne. Mange mediechefer blev sendt i fængsel eller tortureret. På grund af dette var politiske modstandere få og sjældne. Mod slutningen af denne præsidentperiode erklærede han, at han ville ophæve belejringstilstanden, men trak sig hurtigt tilbage, efter at studerende begyndte at protestere mod trolleybilletpriserne.
I de første 13 år af sin regeringstid regerede Stroessner under en stærkt autoritær forfatning, der blev vedtaget i 1940. Den blev erstattet i 1967 med et lige så undertrykkende dokument. Ligesom sin forgænger gav den præsidenten vide beføjelser til at træffe ekstraordinære foranstaltninger til gavn for landet, såsom at ophæve borgerlige frihedsrettigheder og gribe ind i økonomien. Den udgjorde således det juridiske grundlag for den næsten krigsretlige tilstand, som Stroessner regerede under. Selv om den begrænsede præsidenten til to femårige perioder, blev det fastsat, at kun de perioder, der blev afsluttet efter valget i 1968, skulle tælle med i denne grænse. I 1977, da Stroessner stod over for at skulle forlade embedet for altid det følgende år, gennemtvang han en forfatningsændring, der gav ham mulighed for at stille op til et ubegrænset antal femårige valgperioder.
Operation CondorRediger
Paraguay var en af de førende deltagere i Operation Condor, en kampagne med statsterror og sikkerhedsoperationer, der officielt blev iværksat i 1975, og som blev gennemført i fællesskab af militærdiktaturerne i seks sydamerikanske lande (Chile, Argentina, Bolivia, Paraguay, Uruguay og Brasilien) med støtte fra USA. Menneskerettighedskrænkelser, som er karakteristiske for andre sydamerikanske lande, såsom bortførelser, tortur, tvungne forsvindinger og udenretslige drab, var rutinemæssige og systematiske under Stroessner-styret. Efter henrettelser blev mange af ligene af de personer, der blev dræbt af regimet, smidt i Chaco eller i Paraguay-floden. Opdagelsen af “Terrorens arkiv” i 1992 i Lambaré-forstaden til Asunción bekræftede påstandene om udbredte menneskerettighedskrænkelser.
Pastor Coronel var chef for efterforskningsafdelingen eller det hemmelige politi. Han interviewede folk i en pileta, et bad af menneskeligt opkast og ekskrementer, eller han stak elektriske kvægpinde op i deres endetarme. I 1975 blev sekretæren for det paraguayanske kommunistparti, Miguel Ángel Soler , lemlæstet levende med en motorsav, mens Stroessner lyttede med i telefonen. De torturerede dissidenters skrig blev ofte optaget og afspillet over telefonen til familiemedlemmer, og nogle gange blev de dræbtes blodige tøj sendt til deres hjem.
Under Stroessner blev der begået uhyrlige menneskerettighedskrænkelser mod Aché-indianerne i Paraguays østlige distrikter, hovedsagelig som følge af, at amerikanske og europæiske selskaber ønskede adgang til landets skove, miner og græsningsarealer. Aché-indianerne boede på jord, der var eftertragtet, og de havde modsat sig forsøg på at blive flyttet af den paraguayanske hær. Regeringen tog til genmæle med massakrer og tvang mange Aché-folk i slaveri. I 1974 anklagede FN Paraguay for slaveri og folkedrab. Kun et par hundrede Aché var i live i slutningen af 1970’erne. Stroessner-regimet finansierede dette folkemord med amerikansk bistand.
Stroessner var omhyggelig med ikke at vise sig frem eller tiltrække sig opmærksomhed fra jaloux generaler eller udenlandske journalister. Han undgik demonstrationer og tog enkle ferier i Patagonien. Han blev mere tolerant over for oppositionen som årene gik, men der skete ingen ændring i regimets grundlæggende karakter.
Under Stroessners styre havde ingen socialistiske nationer diplomatiske forbindelser med Paraguay, med den eneste undtagelse af det alliancefrie Jugoslavien. Stroessner aflagde mange statsbesøg, bl.a. i Japan, USA og Frankrig samt i Sydafrika, et land, som Paraguay udviklede tætte bilaterale forbindelser med i 1970’erne. Han aflagde også flere besøg i Vesttyskland, selv om hans forhold til dette land i årenes løb blev forværret. Da han altid havde været kendt som pro-tysk, blev denne forværring af forholdet kombineret med hans følelse af, at USA havde forladt ham, betragtet som et personligt slag for Stroessner.
Det er blevet hævdet, at den romersk-katolske kirke er den eneste grund til, at Stroessner ikke havde absolut kontrol over landet. Efter politiets ødelæggelse af universitetet i Asunción i 1972 ekskommunikerede ærkebiskoppen af Paraguay Ismael Rolón Silvero indenrigsministeren og politichefen og forbød fejringen af den hellige messe som et tegn på protest mod Stroessner-styret. Da pave Johannes Paul II besøgte Paraguay i 1988, styrkede hans besøg det, der allerede var en robust anti-Stroessner-bevægelse i landet.
Stroessner gav et skriftligt tv-interview til Alan Whicker som en del af en dokumentarfilm med titlen The Last Dictator (UK: 7. april 1970) til tv-serien Whicker’s World. Programmet blev udgivet i et DVD-box-sæt i Region 2 af det britiske Network-imprint.
ØkonomiRediger
Stroessner afsatte store dele af det paraguayanske statsbudget til militær- og politiapparatet, der begge var grundlæggende for regimets opretholdelse. Ifølge en artikel fra magasinet Time fra 1963 brugte Stroessner 33% af det årlige budget for 1962 på hæren og politiet, 15% til uddannelse og kun 2% til offentlige arbejder. Der var ingen indkomstskat, og de offentlige udgifter var den mindste procentdel af BNP i Latinamerika.
Stroessner gennemførte flere økonomiske udviklingsprojekter, herunder opførelsen af verdens største vandkraftværk i Itaipu-dæmningen, hvilket udviklede Paraguays økonomi: Selv om Paraguay kun modtog 15 % af kontrakterne, var det en vigtig faktor, der gjorde det muligt for landet at have den højeste vækstrate i Latinamerika i det meste af 1970’erne. Bygningen af Itaipu-dæmningen og den efterfølgende Yacyretá-dæmning på grænsen mellem Paraguay og Argentina fordrev tusindvis af paraguayanere og tvang dem væk fra deres hjem, ofte uden nogen form for erstatning. Itaipu-dæmningen fordrev mindst 80 000 paraguayanere, og Yacyretá-dæmningen blev anslået til at have fordrevet mindst lige så mange i december 2008. 160 arbejdere døde under opførelsen af Itaipu-dæmningen.
Stroessner støttede også projekter, der angiveligt udviklede landets infrastruktur. Blandt disse projekter var forbedring af motorveje og uddeling af 15-20 hektar jord til militærpersonale efter endt tjeneste, forudsat at jorden skulle bruges til landbrugsformål. Over 10.000 soldater tog imod dette tilbud. Ved slutningen af Stronato var den næststørste by Puerto Flor de Lis (omdøbt til “Puerto Presidente Stroessner”, derefter “Ciudad del Este”), som var blevet grundlagt blot 32 år tidligere.
UndergangRediger
I april 1987 ophævede Stroessner belejringstilstanden som led i optakten til valget det følgende forår. Flere drakoniske sikkerhedslove var dog fortsat i kraft, hvilket betød, at belejringstilstandens indhold (om ikke formen) stadig var gældende. Som det havde været tilfældet i over tre årtier, blev oppositionsledere fortsat vilkårligt arresteret, og oppositionens møder og demonstrationer blev opløst (ofte brutalt). Stroessner blev endnu en gang opstillet af Colorados og var den eneste kandidat, som fik lov til at føre valgkampagne helt uhindret. Under disse omstændigheder var valget i februar 1988 ikke anderledes end tidligere valg, idet Stroessner officielt opnåede 89 procent af stemmerne – en margin, som hans rivaler hævdede kun kunne være opnået ved massiv svindel.
Den 3. februar 1989, kun seks måneder efter at han var blevet taget i ed for hvad der ville have været hans ottende fulde valgperiode, blev Stroessner afsat ved et statskup ledet af general Andrés Rodríguez, hans nærmeste fortrolige i over tre årtier. En af grundene til kuppet var, at generalerne frygtede, at en af Stroessners efterkommere ville efterfølge ham. Af de to var Alfredo (alias “Freddie”) kokainafhængig, og Gustavo, der var pilot, var afskyet for at være homoseksuel. Et mere skræmmende rygte gik på, at Lino Oviedo truede Rodríguez med en granat, hvis han ikke iværksatte kuppet. De to generaler, Rodríguez og Oviedo, udkæmpede en kort artilleri duel over Asunción.