Karta över Hypogeum från oktober 1907
Senare arkeologiska utgrävningar visar att det en gång i tiden fanns en helgedom på ytan som markerade ingången till Hypogeum, och att den senare förstördes, vilket troligen skyddade den nedre delen av byggnaden från upptäckt i tusentals år. Ingenting återstår av en eventuell inhägnad som skulle ha markerat ingången till Hypogeum. Den underjordiska strukturen kan ha sitt ursprung i en naturlig grotta som med tiden utvidgats genom att man skurit sig direkt in i berget med grova redskap som t.ex. horn, flinta, kerta och obsidian. Begravningskammare på den övre nivån i Hypogeum daterar sig från de tidiga faserna av den maltesiska tempelperioden, medan de lägre kamrarna daterar sig senare. Platsen kan ha använts för första gången så tidigt som 4000 f.Kr. och användes troligen fram till omkring 2500 f.Kr. baserat på analys av keramikprover och undersökning av mänskliga kvarlevor.
Tempelkonstruktionen använder sig av en noggrann riktning av ljuset från ytan för att tränga in i de nedre kamrarna, med invecklade mönster som är målade på delar av taket med röd ockra, enligt motiv av fläckar, spiraler och honungskakor. En av huvudkamrarna, kallad ”The Holy of Holies”, tycks vara orienterad så att ljuset från vintersolståndet belyste dess fasad från den ursprungliga öppningen ovanför.
En resonansnisch som skurits in i den mellersta kammaren, kallad Oracle Room, var möjligen utformad för att projicera sång eller trummor i resten av Hypogeum.
The Sleeping Lady of Ħal Saflieni, National Museum of Archaeology, Valletta
Ett brett spektrum av föremål återfanns på platsen, bland annat intrikat dekorerade krukskärl av keramik, sten- och lerpärlor, skalknappar, amuletter, yxhuvuden och snidade figurer föreställande människor och djur. Det mest anmärkningsvärda fyndet var den sovande kvinnan, en lerfigur som tros föreställa en modergudinna. Figurerna varierar från abstrakt till realistisk stil, med huvudteman som tros vara relaterade till vördnad för de döda och andlig omvandling. Komplexa konstnärliga tekniker finns också representerade, som i fallet med en enda stor keramikskål som använde sig av både naturalistiska och stiliserade teman, med en sida som realistiskt föreställer nötkreatur, grisar och getter, och den andra sidan föreställer kläckta djur som är gömda i komplexa geometriska mönster.
Resterna av cirka 7 000 individer hittades i Hypogeum, och även om många av benen gick förlorade i början av utgrävningen deponerades de flesta av kranierna på Nationalmuseet. En liten andel av kranierna har en onormal förlängning av kraniet, som liknar prästskallar från det gamla Egypten, vilket ger näring åt spekulationer om de människor som bebodde Hypogeum och deras sedvänjor och trosuppfattningar.
Fortsatta utgrävningar ägde rum mellan 1990 och 1993 av Anthony Pace, Nathaniel Cutajar och Reuben Grima. Hypogeum stängdes sedan för besökare mellan 1991 och 2000 för restaureringsarbeten, och sedan det öppnades igen tillåter Heritage Malta (det statliga organ som tar hand om historiska platser) endast 80 personer per dag att komma in, samtidigt som platsens mikroklimat är strikt reglerat. Vetenskaplig forskning om Hypogeum pågår, och 2014 besökte ett internationellt forskarlag för att studera akustik.