Mapa miejsca Hypogeum wykonana w październiku 1907
Późniejsze wykopaliska archeologiczne wskazują, że istniała kiedyś powierzchniowa świątynia, która oznaczała wejście do Hypogeum, a jej późniejsze zniszczenie prawdopodobnie osłaniało niższą strukturę przed odkryciem przez tysiące lat. Nic nie pozostało z potencjalnego ogrodzenia, które zaznaczałoby wejście do Hypogeum. Podziemna struktura może pochodzić z naturalnej jaskini, rozszerzony w czasie przez cięcia bezpośrednio do skały z prymitywnych narzędzi, w tym poroża, krzemień, chert i obsydianu. Komory grobowe w górnym poziomie Hypogeum pochodzą z wczesnych faz okresu Świątyni Maltańskiej, niższe komory pochodzą z późniejszego okresu. Strona mogła być po raz pierwszy użyta już w 4000 r. p.n.e. i prawdopodobnie była używana do około 2500 r. p.n.e., na podstawie analizy próbek ceramiki i badania szczątków ludzkich.
Struktura świątyni wykorzystuje ostrożny kierunek światła z powierzchni, aby przeniknąć do niższych komór, z zawiłymi wzorami malowanymi na części sufitu czerwoną ochrą, po motywach plam, spirali i plastrów miodu. Jedna z głównych komór, zwana „Świętym Świętości”, wydaje się być zorientowana tak, że światło z przesilenia zimowego oświetlało jej fasadę z oryginalnego otworu powyżej.
Wnęka rezonansowa wycięta w środkowej komorze, zwana Pokojem Wyroczni, została prawdopodobnie zaprojektowana do projekcji śpiewu lub bębnienia w całej reszcie Hypogeum.
Śpiąca Pani z Ħal Saflieni, Narodowe Muzeum Archeologiczne, Valletta
Szeroka gama przedmiotów została odzyskana ze stanowiska, w tym misternie zdobione naczynia garncarskie, kamienne i gliniane paciorki, guziki muszlowe, amulety, groty toporów oraz rzeźbione figurki ludzi i zwierząt. Najbardziej godnym uwagi odkryciem była Śpiąca Pani, gliniana figurka przedstawiająca boginię matkę. Figury wahają się od abstrakcyjnych do realistycznych w stylu, z głównych tematów, które mają być związane z czcią zmarłych i duchowej transformacji. Złożone techniki artystyczne są również reprezentowane, jak w przypadku pojedynczej dużej miski garncarskiej, która wykorzystywała zarówno naturalistyczne, jak i stylizowane tematy, z jednej strony realistycznie przedstawiające bydło, świnie i kozy, a z drugiej strony przedstawiające wyklute zwierzęta ukryte w skomplikowanych geometrycznych wzorach.
Szczątki około 7000 osób zostały znalezione w Hypogeum, i choć wiele kości zostało utraconych na początku wykopalisk, większość czaszek została zdeponowana w Muzeum Narodowym. Niewielki procent czaszek ma nienormalne wydłużenie czaszki, podobne do czaszek kapłańskich ze starożytnego Egiptu, podsycając spekulacje na temat ludzi, którzy zajmowali Hypogeum, ich praktyk i wierzeń.
Dalsze wykopaliska miały miejsce w latach 1990-1993 przez Anthony’ego Pace’a, Nathaniela Cutajara i Reubena Grimę. Hypogeum zostało następnie zamknięte dla zwiedzających w latach 1991-2000 w celu przeprowadzenia prac konserwatorskich; od czasu ponownego otwarcia, Heritage Malta (organ rządowy, który opiekuje się historycznymi miejscami) zezwala na wstęp tylko 80 osobom dziennie, podczas gdy mikroklimat miejsca jest ściśle regulowany. Badania naukowe nad Hypogeum trwają, a w 2014 r. międzynarodowy zespół naukowców odwiedził je, aby zbadać akustykę.