Lageplan des Hypogäums vom Oktober 1907
Spätere archäologische Ausgrabungen deuten darauf hin, dass es einst einen oberirdischen Schrein gab, der den Eingang des Hypogäums markierte und dessen anschließende Zerstörung die untere Struktur wahrscheinlich für Tausende von Jahren vor Entdeckung schützte. Von einer möglichen Einfriedung, die den Eingang zum Hypogäum markiert hätte, ist nichts übrig geblieben. Das unterirdische Bauwerk könnte aus einer natürlichen Höhle entstanden sein, die im Laufe der Zeit mit groben Werkzeugen wie Geweih, Feuerstein, Hornstein und Obsidian direkt in den Fels gehauen wurde. Die Grabkammern im oberen Teil des Hypogäums stammen aus den frühen Phasen der maltesischen Tempelzeit, die unteren Kammern aus späterer Zeit. Die Stätte könnte bereits 4000 v. Chr. genutzt worden sein und wurde wahrscheinlich bis etwa 2500 v. Chr. genutzt, wie die Analyse von Keramikproben und die Untersuchung menschlicher Überreste zeigt.
Die Tempelstruktur nutzt eine sorgfältige Ausrichtung des Lichts von der Oberfläche, um in die unteren Kammern einzudringen, mit komplizierten Mustern, die mit rotem Ocker auf Teile der Decke gemalt wurden und Motiven von Punkten, Spiralen und Waben folgen. Eine der Hauptkammern, das so genannte „Allerheiligste“, scheint so ausgerichtet zu sein, dass das Licht der Wintersonnenwende seine Fassade von der ursprünglichen Öffnung darüber aus beleuchtete.
Eine in die mittlere Kammer geschnittene Resonanznische, der so genannte Orakelraum, war möglicherweise dazu bestimmt, Gesänge oder Trommelklänge in den Rest des Hypogäums zu projizieren.
Die schlafende Dame von Ħal Saflieni, Nationales Museum für Archäologie, Valletta
Eine breite Palette von Objekten wurde an der Fundstelle geborgen, darunter kunstvoll verzierte Keramikgefäße, Stein- und Tonperlen, Muschelknöpfe, Amulette, Axtköpfe und geschnitzte Figuren, die Menschen und Tiere darstellen. Der bemerkenswerteste Fund war die schlafende Frau, eine Tonfigur, die eine Muttergöttin darstellen soll. Die Figuren reichen von abstrakten bis zu realistischen Darstellungen, wobei die Hauptthemen mit der Verehrung der Toten und der spirituellen Transformation in Verbindung gebracht werden. Komplexe künstlerische Techniken sind ebenfalls vertreten, wie im Fall einer einzigen großen Keramikschale, die sowohl naturalistische als auch stilisierte Themen verwendet, wobei eine Seite realistisch Rinder, Schweine und Ziegen darstellt, während die andere Seite geschlüpfte Tiere zeigt, die in komplexen geometrischen Mustern versteckt sind.
Die Überreste von etwa 7.000 Individuen wurden im Hypogäum gefunden, und obwohl viele der Knochen schon früh bei den Ausgrabungen verloren gingen, wurden die meisten Schädel im Nationalmuseum aufbewahrt. Ein kleiner Prozentsatz der Schädel weist eine anormale Schädelverlängerung auf, ähnlich wie bei Priesterschädeln aus dem alten Ägypten, was zu Spekulationen über die Menschen, die das Hypogäum bewohnten, und ihre Praktiken und ihren Glauben führte.
Weitere Ausgrabungen fanden zwischen 1990 und 1993 durch Anthony Pace, Nathaniel Cutajar und Reuben Grima statt. Zwischen 1991 und 2000 war das Hypogäum wegen Restaurierungsarbeiten für Besucher geschlossen. Seit der Wiedereröffnung erlaubt Heritage Malta (die staatliche Behörde, die sich um historische Stätten kümmert) nur noch 80 Personen pro Tag den Zutritt, und das Mikroklima der Stätte ist streng geregelt. Das Hypogäum wird weiterhin wissenschaftlich erforscht. 2014 besuchte ein internationales Wissenschaftlerteam die Stätte, um die Akustik zu untersuchen.