Mapa lokality Hypogeum pořízená v říjnu 1907
Pozdější archeologické vykopávky ukazují, že kdysi existovala povrchová svatyně, která označovala vstup do Hypogea, přičemž její následné zničení pravděpodobně na tisíce let ochránilo spodní stavbu před objevením. Z případné ohrady, která by označovala vstup do Hypogea, nezbylo nic. Podzemní stavba mohla vzniknout z přirozené jeskyně, která se časem rozšířila vysekáním přímo do skály pomocí hrubých nástrojů včetně parohů, křemene, certu a obsidiánu. Pohřební komory v horní úrovni Hypogea pocházejí z raných fází maltského chrámového období, spodní komory z pozdější doby. Místo mohlo být poprvé použito již 4000 let př. n. l. a na základě analýzy vzorků keramiky a zkoumání lidských ostatků bylo pravděpodobně využíváno až do doby kolem roku 2500 př. n. l.
Chrámová stavba využívá pečlivého směrování světla z povrchu, aby proniklo do spodních komor, přičemž na částech stropu jsou červeným okrem namalovány složité vzory navazující na motivy skvrn, spirál a voštin. Jedna z hlavních komor, nazývaná „Svatyně svatých“, je zřejmě orientována tak, aby světlo ze zimního slunovratu osvětlovalo její fasádu z původního otvoru nahoře.
V prostřední komoře, nazývané Věštírna, byl pravděpodobně vysekán rezonanční výklenek, který byl určen k promítání zpěvu nebo bubnování do celého zbytku Hypogea.
Spící dáma Ħal Saflieni, Národní archeologické muzeum, Valletta
Z lokality byla získána široká škála předmětů, včetně složitě zdobených keramických nádob, kamenných a hliněných korálků, mušlových knoflíků, amuletů, sekeromlatů a vyřezávaných figurek zobrazujících lidi a zvířata. Nejpozoruhodnějším nálezem byla Šípková Růženka, hliněná figurka, o níž se předpokládá, že představuje bohyni matku. Figurky se pohybují od abstraktních po realistické a jejich hlavní témata souvisejí s uctíváním mrtvých a duchovní proměnou. Zastoupeny jsou také složité výtvarné techniky, jako v případě jedné velké keramické mísy, která využívala jak naturalistické, tak stylizované motivy, přičemž na jedné straně byl realisticky zobrazen skot, prasata a kozy a na druhé straně představovala vylíhlá zvířata ukrytá ve složitých geometrických vzorech.
V Hypogeu byly nalezeny ostatky přibližně 7 000 jedinců, a přestože se mnoho kostí ztratilo již na počátku vykopávek, většina lebek byla uložena v Národním muzeu. Malé procento lebek má abnormální prodloužení lebky, podobné lebkám kněží ze starověkého Egypta, což podněcuje spekulace o lidech, kteří Hypogeum obývali, a o jejich praktikách a víře.
Další vykopávky probíhaly v letech 1990-1993 a prováděli je Anthony Pace, Nathaniel Cutajar a Reuben Grima. Hypogeum pak bylo v letech 1991-2000 pro návštěvníky uzavřeno kvůli restaurátorským pracím; od jeho znovuotevření povoluje Heritage Malta (vládní orgán, který se stará o historické památky) vstup pouze 80 osobám denně, přičemž mikroklima v lokalitě je přísně regulováno. Na Hypogeu probíhá vědecký výzkum a v roce 2014 jej navštívil mezinárodní tým vědců, aby zde studoval akustiku.