Após o navegador português Diogo Cão ter chegado ao Reino do Kongo na África Centro-Oeste em 1482, os contactos entre o Kongo e Portugal multiplicaram-se. Os portugueses enviaram uma missão de assistência técnica ao Kongo, e em 1491 o rei do Kongo Nzinga Nkuwu foi baptizado com o nome de João I.
Um dos filhos de João, Nzinga Mvemba, foi baptizado Affonso e aquando da morte do seu pai em 1506 ele assumiu o trono do Kongo. Posteriormente, as relações entre Portugal e o Kongo tornaram-se muito mais activas. Missionários, professores, pedreiros, carpinteiros e conselheiros militares foram enviados ao rei Afonso, que pagou pelos seus serviços com escravos, cobre e marfim. Logo se desenvolveram problemas sérios, porque muitos dos portugueses preferiram se envolver no comércio – especialmente o comércio de escravos – do que exercer seu ofício. Os estabelecimentos comerciais portugueses na ilha de São Tomé também interferiram nas trocas Kongo-Português.
Em 1512 Affonso solicitou um controlo real mais apertado sobre as actividades dos portugueses. D. Manuel I decretou o monopólio real do comércio com o Kongo, enviou um enviado com jurisdição sobre todos os portugueses e apresentou um extenso plano de aculturação do Kongo envolvendo a adopção do sistema jurídico português, títulos feudais e etiqueta da corte. As instruções de Manuel foram em grande parte ineficazes, e a colónia portuguesa no Kongo foi logo dividida entre uma facção real e uma facção favorável aos interesses de São Tomé e Príncipe, com esta última a ganhar cada vez mais terreno. O tráfico de escravos tornou-se a ocupação europeia predominante; embora o próprio Affonso estivesse envolvido nesta actividade e não se opusesse a ela em princípio, ressentia-se fortemente da apreensão indiscriminada de africanos por parte dos comerciantes, mesmo incluindo membros da nobreza do Kongo.
As actividades missionárias e educativas portuguesas diminuíram. O número de missionários durante o reinado de Affonso parece nunca ter ultrapassado 10, todos eles residindo na corte. Um dos filhos de Affonso, Dom Henrique, estudou em Lisboa e Roma e serviu como bispo de São Salvador, a capital do Kongo, desde 1520 até à sua morte em 1526. Nessa altura, porém, os efeitos perturbadores da presença portuguesa tinham atingido dimensões tais que Affonso decretou a expulsão de todos os europeus, excepto dos missionários e professores. Mas ele foi obrigado a anular a sua ordem e a contentar-se com a criação de uma junta de inspectores para controlar todas as transacções comerciais realizadas por estrangeiros. Os esforços de Affonso em 1529 e 1539 para assegurar o apoio do Vaticano através do envio de uma missão a Roma não tiveram verdadeiro sucesso. A crescente perturbação da autoridade real do Kongo culminou com a tentativa de oito portugueses de matar Affonso na igreja no dia da Páscoa, 1540. Com este incidente o reinado do rei Affonso terminou, embora a data real da sua morte não seja conhecida. As facções portuguesas apoiaram os rivais para o trono, e um dos netos de Affonso, Diogo I, eventualmente ascendeu ao trono.
O reinado de Afonso deixou memórias duradouras na Europa e na África. O Kongo permaneceu nominalmente católico durante o século seguinte, e a descendência linear de Affonso tornou-se um requisito reconhecido para a sucessão ao trono. Ao mesmo tempo, quaisquer ilusões que pudessem ter sido entretidas de ambos os lados em relação à possibilidade de interação pacífica entre as culturas da Europa ocidental e da África foram quebradas no reinado do rei Afonso; e uma relação que tinha começado com uma nota quase idílica deteriorou-se em menos de uma geração na exploração impiedosa da África pelos europeus.