Site map of the Hypogeum made in October 1907
Uit latere archeologische opgravingen blijkt dat er ooit een oppervlakteheiligdom was dat de ingang tot het Hypogeum markeerde. De latere vernietiging ervan heeft er waarschijnlijk voor gezorgd dat de lagere structuur duizenden jaren lang niet werd ontdekt. Van een mogelijke ommuring die de toegang tot het Hypogeum zou hebben gemarkeerd, is niets overgebleven. De ondergrondse structuur kan zijn ontstaan uit een natuurlijke grot, die in de loop der tijd is uitgebreid door direct in de rots te hakken met ruwe gereedschappen zoals gewei, vuursteen, chert en obsidiaan. De grafkamers in het bovenste niveau van het Hypogeum dateren uit de vroege fasen van de Maltese Tempelperiode, terwijl de lagere kamers van later datum zijn. De site kan al in 4000 v. Chr. voor het eerst zijn gebruikt, en was waarschijnlijk in gebruik tot ongeveer 2500 v. Chr., gebaseerd op analyse van aardewerkmonsters en onderzoek van menselijke resten.
De tempelstructuur maakt gebruik van een zorgvuldige richting van het licht vanaf het oppervlak om door te dringen in de lagere kamers, met ingewikkelde patronen geschilderd op delen van het plafond met rode oker, naar motieven van vlekken, spiralen en honingraten. Een van de hoofdkamers, genaamd “Het Heilige der Heiligen”, lijkt zo te zijn georiënteerd dat het licht van de winterzonnewende de gevel verlichtte vanuit de oorspronkelijke opening erboven.
Een resonantie nis uitgesneden in de middelste kamer, genaamd de Orakel Kamer, was mogelijk ontworpen om gezang of trommelen te projecteren in de rest van het Hypogeum.
The Sleeping Lady of Ħal Saflieni, Nationaal Archeologisch Museum, Valletta
Er is een breed scala aan voorwerpen uit de vindplaats geborgen, waaronder ingewikkeld versierde aardewerken vaten, kralen van steen en klei, schelpknopen, amuletten, bijlenhoofden en gebeeldhouwde figuren met afbeeldingen van mensen en dieren. De meest opmerkelijke ontdekking was de Slapende Dame, een kleifiguur dat een moedergodin voorstelt. De figuren variëren van abstract tot realistisch in stijl, met hoofdthema’s die verband houden met de verering van de doden en spirituele transformatie. Complexe artistieke technieken zijn ook vertegenwoordigd, zoals in het geval van een enkele grote aardewerken kom die zowel naturalistische als gestileerde thema’s gebruikte, met aan de ene kant realistische afbeeldingen van runderen, varkens en geiten, en aan de andere kant uitgekomen dieren verborgen in complexe geometrische patronen.
De overblijfselen van ongeveer 7.000 individuen werden gevonden in het Hypogeum, en hoewel veel botten verloren gingen in het begin van de opgraving, werden de meeste schedels gedeponeerd in het Nationaal Museum. Een klein percentage van de schedels heeft een abnormale schedelverlenging, vergelijkbaar met priesterschedels uit het Oude Egypte, wat speculaties over de mensen die het Hypogeum bewoonden, en hun praktijken en geloofsovertuigingen voedt.
Volgende opgravingen vonden plaats tussen 1990 en 1993 door Anthony Pace, Nathaniel Cutajar en Reuben Grima. Tussen 1991 en 2000 werd het Hypogeum gesloten voor bezoekers voor restauratiewerkzaamheden; sinds de heropening laat Heritage Malta (het overheidsorgaan dat zich bezighoudt met historische sites) slechts 80 personen per dag toe, terwijl het microklimaat van de site strikt wordt gereguleerd. Wetenschappelijk onderzoek naar het Hypogeum is aan de gang, en in 2014 bezocht een internationaal team van wetenschappers om de akoestiek te bestuderen.