1907 年 10 月に作られた Hypogeum のサイトマップ
後の考古学的発掘により、かつて Hypogeum への入り口となる表層の神殿が存在し、その後その破壊により数千年間下の建物が発見できないままだった可能性があることがわかりました。 ハイポジウムへの入り口を示す囲いのようなものは何も残っていない。 地下の構造は、自然の洞窟が起源で、角、フリント、チャート、黒曜石などの粗末な道具で岩に直接穴を開け、長い年月をかけて拡張したものと思われます。 ハイポジウムの上層にある埋葬室はマルタ神殿時代の初期に作られ、下層はそれ以降に作られたものである。
神殿の構造は、表面からの光が下の部屋に入り込むように慎重に配置され、天井の一部には赤黄土で点、螺旋、蜂の巣をモチーフにした複雑な模様が描かれています。
「神託の間」と呼ばれる中央の部屋には共鳴窪みがあり、詠唱や太鼓の音をハイポジウム全体に響かせるように設計されていたと思われる。
The Sleeping Lady of Ħal Saflieni, National Museum of Archaeology, Valletta
複雑な装飾の陶器容器、石や粘土ビーズ、貝ボタン、護符、軸頭、人間と動物を描いた彫像など幅広い品目が遺跡から発掘されています。 中でも注目されるのは、母なる女神を表すとされる土偶「スリーピング・レディ」である。 抽象的なものから写実的なものまで、さまざまなスタイルの像があり、死者への崇拝や精神的な変容が大きなテーマと考えられている。 また、自然主義的なテーマと様式化されたテーマの両方を利用し、片面にはウシ、ブタ、ヤギが写実的に描かれ、もう片面には複雑な幾何学模様に隠された孵化した動物が表現されている1つの大きな陶器鉢のように、複雑な芸術的手法も表現されています
ハイポジウムでは約7000人の遺体が見つかり、多くの骨が発掘調査で早期に失われたが、ほとんどの頭蓋骨は国立博物館に収蔵された。
1990年から1993年にかけて、Anthony Pace、Nathaniel Cutajar、Reuben Grimaによってさらなる発掘が行われた。 その後、ハイポジウムは修復作業のため1991年から2000年まで閉鎖され、再開後は、ヘリテージ・マルタ（史跡を管理する政府機関）が1日80人の入場を許可し、サイトの微気候は厳密に管理されています。 ハイポジウムの科学的研究は継続されており、2014年には音響学の研究のために国際的な科学者チームが訪れました
。