A Hypogeum 1907 októberében készült helyszíni térképe
A későbbi régészeti ásatások szerint egykor egy felszíni szentély jelezte a Hypogeum bejáratát, amelynek későbbi pusztulása valószínűleg évezredekre elzárta az alsó építményt a felfedezéstől. Semmi sem maradt meg a Hypogeum bejáratát jelző esetleges burkolatból. A földalatti építmény egy természetes barlangból származhatott, amelyet az idők során közvetlenül a sziklába vágott durva szerszámokkal, többek között agancsokkal, tűzkővel, kovakővel és obszidiánnal bővítettek. A Hypogeum felső szintjén található temetkezési kamrák a máltai templomi időszak korai szakaszaiból származnak, az alsó kamrák pedig a későbbiekből. A lelőhelyet már i. e. 4000-ben használhatták először, és valószínűleg i. e. 2500 körülig használták, a kerámiaminták elemzése és az emberi maradványok vizsgálata alapján.
A templomszerkezet a felszínről a fény gondos irányításával hatol be az alsó kamrákba, a mennyezet egyes részeire vörös okkerrel festett bonyolult mintákkal, foltok, spirálok és méhsejtek motívumait követve. Az egyik fő kamra, amelyet “A szentek szentjének” neveznek, úgy tűnik, úgy van tájolva, hogy a téli napforduló fénye megvilágította a homlokzatát a felette lévő eredeti nyílásból.
A középső kamrába vágott rezonanciafülkét, amelyet Orákulum-teremnek neveznek, valószínűleg úgy tervezték, hogy kántálást vagy dobolást vetítsen a Hypogeum többi részébe.
A Ħal Saflieni alvó asszonya, Nemzeti Régészeti Múzeum, Valletta
Tárgyak széles skálája került elő a lelőhelyről, köztük bonyolultan díszített kerámiaedények, kő- és agyaggyöngyök, kagylógombok, amulettek, baltafejek, valamint embereket és állatokat ábrázoló faragott alakok. A legjelentősebb lelet az alvó hölgy, egy agyagfigura, amelyről úgy gondolják, hogy egy anyaistennőt ábrázol. A figurák stílusa az absztraktól a realisztikusig terjed, a főbb témák feltehetően a halottak tiszteletéhez és a spirituális átalakuláshoz kapcsolódnak. Összetett művészi technikák is képviseltetik magukat, mint például egyetlen nagyméretű cseréptál esetében, amely egyszerre használt naturalista és stilizált témákat, egyik oldalán szarvasmarhákat, disznókat és kecskéket ábrázolt valósághűen, másik oldalán pedig bonyolult geometriai mintákba rejtett, kikelt állatokat.
A Hypogeumban mintegy 7000 ember maradványait találták meg, és bár sok csont az ásatások során korán elveszett, a koponyák nagy részét a Nemzeti Múzeumban helyezték el. A koponyák egy kis hányadánál a koponya rendellenes megnyúlása az ókori Egyiptomból származó papi koponyákhoz hasonló, ami táplálja a találgatásokat a Hypogeumot elfoglaló emberekről, szokásaikról és hiedelmeikről.
A további ásatásokat 1990 és 1993 között Anthony Pace, Nathaniel Cutajar és Reuben Grima végezték. A Hypogeumot ezután 1991 és 2000 között restaurálási munkálatok miatt lezárták a látogatók elől; az újranyitás óta pedig a Heritage Malta (a történelmi helyszíneket gondozó kormányzati szerv) naponta csak 80 embernek engedélyezi a belépést, a helyszín mikroklímáját pedig szigorúan szabályozzák. A Hypogeum tudományos kutatása folyamatban van, és 2014-ben egy nemzetközi tudóscsoport látogatott el ide, hogy az akusztikát tanulmányozza.