Después de que el navegante portugués Diogo Cão llegara al reino del Kongo, en el centro-oeste de África, en 1482, se multiplicaron los contactos entre el Kongo y Portugal. Los portugueses enviaron una misión de asistencia técnica a Kongo, y en 1491 el rey kongo Nzinga Nkuwu fue bautizado con el nombre de João I.
Uno de los hijos de João, Nzinga Mvemba, fue bautizado con el nombre de Affonso y a la muerte de su padre en 1506 asumió el trono de Kongo. A partir de entonces, las relaciones entre Portugal y Kongo se hicieron mucho más activas. Se enviaron misioneros, maestros, albañiles, carpinteros y asesores militares al rey Affonso, que pagó sus servicios con esclavos, cobre y marfil. Pronto surgieron graves problemas, ya que muchos de los portugueses preferían dedicarse al comercio -especialmente al de esclavos- en lugar de ejercer sus oficios. Los establecimientos comerciales portugueses en la isla de Santo Tomé también interferían en los intercambios kongo-portugueses.
En 1512 Affonso solicitó un control real más estricto sobre las actividades de los portugueses. El rey Manuel I decretó un monopolio real sobre el comercio con Kongo, envió un enviado con jurisdicción sobre todos los ciudadanos portugueses y presentó un extenso plan para la aculturación de Kongo que incluía la adopción del sistema legal portugués, los títulos feudales y la etiqueta de la corte. Las instrucciones de Manuel fueron en gran medida ineficaces, y la colonia portuguesa en Kongo pronto se dividió entre una facción real y una facción favorable a los intereses de Santo Tomé, con esta última ganando cada vez más ventaja. El comercio de esclavos se convirtió en la ocupación europea predominante; aunque el propio Affonso estaba involucrado en esta actividad y no se oponía a ella en principio, le molestaba mucho la captura indiscriminada de africanos por parte de los comerciantes, incluso de miembros de la nobleza de Kongo.
Las actividades misioneras y educativas portuguesas disminuyeron. El número de misioneros durante el reinado de Affonso parece que nunca superó los diez, todos ellos residentes en la corte. Uno de los hijos de Alfonso, Dom Henrique, estudió en Lisboa y Roma y fue obispo de São Salvador, la capital del Kongo, desde 1520 hasta su muerte en 1526. Para entonces, sin embargo, los efectos perturbadores de la presencia portuguesa habían alcanzado tales dimensiones que Affonso decretó la expulsión de todos los europeos, excepto los misioneros y los maestros. Pero se vio obligado a revocar su orden y a contentarse con la creación de una junta de inspectores para controlar todas las transacciones comerciales realizadas por los extranjeros. Los esfuerzos de Alfonso en 1529 y 1539 para conseguir el apoyo del Vaticano mediante el envío de una misión a Roma no tuvieron ningún éxito. La creciente perturbación de la autoridad real de Kongo culminó con el intento de ocho portugueses de fusilar a Affonso en la iglesia el día de Pascua de 1540. Con este incidente terminó el reinado de Alfonso, aunque no se conoce la fecha real de su muerte. Las facciones portuguesas apoyaron a contendientes rivales por el trono, y uno de los nietos de Affonso, Diogo I, ascendió finalmente al trono.
El reinado del rey Affonso dejó recuerdos duraderos en Europa y África. Kongo siguió siendo nominalmente católico durante el siglo siguiente, y la descendencia lineal de Affonso se convirtió en un requisito reconocido para la sucesión al trono. Al mismo tiempo, las ilusiones de ambas partes sobre la posibilidad de una interacción pacífica entre las culturas de Europa occidental y África se rompieron con el reinado de Alfonso, y una relación que había comenzado con una nota casi idílica se deterioró en menos de una generación hasta convertirse en la explotación despiadada de África por parte de los europeos.