Mapa del Hipogeo realizado en octubre de 1907
Excavaciones arqueológicas posteriores indican que en su día hubo un santuario de superficie que marcaba la entrada al Hipogeo, cuya posterior destrucción probablemente ocultó la estructura inferior durante miles de años. No queda nada de un posible recinto que hubiera marcado la entrada al Hipogeo. La estructura subterránea puede haberse originado a partir de una cueva natural, ampliada a lo largo del tiempo cortando directamente en la roca con herramientas rudimentarias, como astas, sílex, pedernal y obsidiana. Las cámaras funerarias del nivel superior del hipogeo datan de las primeras fases del periodo del templo maltés, mientras que las cámaras inferiores son posteriores. Es posible que el yacimiento se utilizara por primera vez en el año 4000 a.C., y es probable que se utilizara hasta el 2500 a.C. aproximadamente, según el análisis de muestras de cerámica y el examen de los restos humanos.
La estructura del templo utiliza una cuidadosa dirección de la luz desde la superficie para penetrar en las cámaras inferiores, con intrincados patrones pintados en partes del techo con ocre rojo, siguiendo motivos de manchas, espirales y panales. Una de las cámaras principales, llamada «El Santo de los Santos», parece estar orientada de tal manera que la luz del solsticio de invierno iluminaba su fachada desde la abertura original de arriba.
Un nicho de resonancia cortado en la cámara central, llamado la Sala del Oráculo, fue posiblemente diseñado para proyectar cánticos o tambores a través del resto del Hipogeo.
La Dama Dormida de Ħal Saflieni, Museo Nacional de Arqueología, La Valeta
En el yacimiento se recuperó una amplia gama de objetos, incluyendo vasijas de cerámica intrincadamente decoradas, cuentas de piedra y arcilla, botones de concha, amuletos, cabezas de hacha y figuras talladas que representan a seres humanos y animales. El descubrimiento más notable fue la Dama Durmiente, una figura de arcilla que se cree que representa a una diosa madre. Las figuras van de lo abstracto a lo realista, y se cree que los temas principales están relacionados con la veneración de los muertos y la transformación espiritual. También están representadas complejas técnicas artísticas, como en el caso de un único y gran cuenco de cerámica que utilizaba temas tanto naturalistas como estilizados, con una cara que representaba de forma realista a bóvidos, cerdos y cabras, y la otra que representaba animales incubados ocultos dentro de complejos patrones geométricos.
En el Hipogeo se encontraron los restos de unos 7.000 individuos, y aunque muchos de los huesos se perdieron al principio de la excavación, la mayoría de los cráneos se depositaron en el Museo Nacional. Un pequeño porcentaje de los cráneos presenta una elongación craneal anormal, similar a la de los cráneos sacerdotales del Antiguo Egipto, lo que alimenta las especulaciones sobre las personas que ocuparon el Hipogeo, y sus prácticas y creencias.
Entre 1990 y 1993 se llevaron a cabo nuevas excavaciones por parte de Anthony Pace, Nathaniel Cutajar y Reuben Grima. El Hipogeo se cerró a los visitantes entre 1991 y 2000 para realizar trabajos de restauración; y desde su reapertura, Heritage Malta (el organismo gubernamental que vela por los sitios históricos) sólo permite la entrada a 80 personas al día, mientras que el microclima del sitio está estrictamente regulado. La investigación científica sobre el Hipogeo está en curso, y en 2014, un equipo internacional de científicos lo visitó para estudiar la acústica.