Når den portugisiske navigatør Diogo Cão nåede kongeriget Kongo i det vestlige og centrale Afrika i 1482, blev kontakterne mellem Kongo og Portugal mangedoblet. Portugiserne sendte en mission til Kongo for at yde teknisk bistand, og i 1491 blev Kongo-kongen Nzinga Nkuwu døbt under navnet João I.
En af João’s sønner, Nzinga Mvemba, blev døbt Affonso, og ved sin fars død i 1506 overtog han Kongos trone. Herefter blev forbindelserne mellem Portugal og Kongo meget mere aktive. Missionærer, lærere, murere, tømrere og militærrådgivere blev sendt til kong Affonso, som betalte for deres tjenester med slaver, kobber og elfenben. Der opstod snart alvorlige problemer, fordi mange af portugiserne foretrak at beskæftige sig med handel – især slavehandel – frem for at udøve deres håndværk. Portugisiske handelsvirksomheder på øen São Tomé blandede sig også i den kongo-portugisiske udveksling.
I 1512 anmodede Affonso om strengere kongelig kontrol med de portugisiske statsborgeres aktiviteter. Kong Manuel I dekreterede et kongeligt monopol på handel med Kongo, sendte en udsending med jurisdiktion over alle portugisiske statsborgere og fremlagde en omfattende plan for akkulturering af Kongo, der omfattede overtagelse af det portugisiske retssystem, feudale titler og hofetikette. Manuels instruktioner var stort set virkningsløse, og den portugisiske koloni i Kongo blev snart delt mellem en kongelig fraktion og en fraktion, der var til fordel for São Tomés interesser, hvor sidstnævnte i stigende grad fik overhånd. Slavehandelen blev den fremherskende europæiske beskæftigelse; selv om Affonso selv var involveret i denne aktivitet og ikke havde principielt noget imod den, var han stærkt utilfreds med handelsmændenes vilkårlige tilfangetagelse af afrikanere, herunder også medlemmer af Kongo-adelen.
Portugisiske missions- og uddannelsesaktiviteter faldt. Antallet af missionærer under Affonsos regeringstid synes aldrig at have oversteget 10, som alle var bosiddende ved hoffet. En af Affonsos sønner, Dom Henrique, studerede i Lissabon og Rom og fungerede som biskop i São Salvador, hovedstaden i Kongo, fra 1520 til sin død i 1526. På det tidspunkt havde de forstyrrende virkninger af den portugisiske tilstedeværelse imidlertid nået sådanne dimensioner, at Affonso dekreterede udvisning af alle europæere undtagen missionærer og lærere. Men han blev tvunget til at trække sin ordre tilbage og nøjes med at oprette et inspektørkorps, der skulle kontrollere alle handelstransaktioner, der blev foretaget af udlændinge. Affonsos bestræbelser i 1529 og 1539 på at sikre sig støtte fra Vatikanet ved at sende en mission til Rom havde ingen reel succes. Den tiltagende forstyrrelse af Kongos kongelige autoritet kulminerede med otte portugisers forsøg på at skyde Affonso i kirken påskedag 1540. Med denne hændelse sluttede kong Affonsos regeringstid, selv om den faktiske dato for hans død ikke er kendt. Portugisiske fraktioner støttede rivaliserende kandidater til tronen, og en af Affonsos barnebarn, Diogo I, besteg til sidst tronen.
Kong Affonsos regeringstid efterlod sig varige minder i Europa og Afrika. Kongo forblev nominelt katolsk i det følgende århundrede, og lineal afstamning fra Affonso blev et anerkendt krav for arvefølge til tronen. Samtidig blev alle illusioner, som man på begge sider kunne have haft om muligheden for et fredeligt samspil mellem de vesteuropæiske og afrikanske kulturer, knust under kong Affonsos regeringstid, og et forhold, der var begyndt på en næsten idyllisk måde, forværredes på mindre end én generation til en skånselsløs udnyttelse af Afrika af europæerne.