Kort over Hypogeum fra oktober 1907
Sidligere arkæologiske udgravninger viser, at der engang var en helligdom på overfladen, som markerede indgangen til Hypogeum, og at den efterfølgende ødelæggelse sandsynligvis har beskyttet den nederste struktur mod opdagelse i tusindvis af år. Der er intet tilbage af en eventuel indhegning, som ville have markeret indgangen til Hypogeum. Den underjordiske struktur kan være opstået som en naturlig hule, der med tiden er blevet udvidet ved at skære direkte i klippen med grove redskaber, herunder gevirer, flintesten, kridt og obsidian. Gravkamre i det øverste niveau af Hypogeum stammer fra de tidlige faser af den maltesiske tempelperiode, mens de nederste kamre stammer fra senere. Stedet kan have været brugt første gang så tidligt som 4000 f.Kr. og blev sandsynligvis brugt indtil omkring 2500 f.Kr. baseret på analyse af keramikprøver og undersøgelse af menneskelige rester.
Tempelstrukturen bruger en omhyggelig retning af lyset fra overfladen til at trænge ind i de nederste kamre, med indviklede mønstre malet på dele af loftet med rød okker, der følger motiver af pletter, spiraler og honningkager. Et af hovedkamrene, kaldet “Det Allerhelligste”, synes at være orienteret således, at lyset fra vintersolhverv oplyste dets facade fra den oprindelige åbning ovenover.
En resonansniche skåret i det midterste kammer, kaldet Orakelrummet, var muligvis designet til at projicere sang eller trommespil ud i resten af Hypogeum.
The Sleeping Lady of Ħal Saflieni, National Museum of Archaeology, Valletta
Et bredt udvalg af genstande blev fundet på stedet, herunder indviklet dekorerede keramikkar, sten- og lerperler, muslingeknapper, amuletter, øksehoveder og udskårne figurer, der forestiller mennesker og dyr. Det mest bemærkelsesværdige fund var den sovende dame, en lerfigur, der menes at forestille en modergudinde. Figurerne varierer fra abstrakt til realistisk stil, og de vigtigste temaer menes at være relateret til ærbødighed over for de døde og åndelig transformation. Komplekse kunstneriske teknikker er også repræsenteret, som i tilfældet med en enkelt stor keramikskål, der benyttede både naturalistiske og stiliserede temaer, hvor den ene side realistisk forestillede kvæg, svin og geder, og den anden side forestillede udklækkede dyr skjult i komplekse geometriske mønstre.
Resten af omkring 7.000 individer blev fundet i Hypogeum, og selv om mange af knoglerne gik tabt tidligt under udgravningen, blev de fleste kranier deponeret på Nationalmuseet. En lille procentdel af kranierne har en unormal kranieforlængelse, der ligner præstekraniernes kranier fra det gamle Egypten, hvilket giver næring til spekulationer om de mennesker, der beboede Hypogeum, og deres praksis og tro.
Der blev foretaget yderligere udgravninger mellem 1990 og 1993 af Anthony Pace, Nathaniel Cutajar og Reuben Grima. Hypogeum blev derefter lukket for besøgende mellem 1991 og 2000 i forbindelse med restaureringsarbejder, og siden genåbningen har Heritage Malta (det statslige organ, der tager sig af historiske steder) kun tilladt adgang for 80 personer om dagen, mens stedets mikroklima er strengt reguleret. Den videnskabelige forskning i Hypogeum er i gang, og i 2014 besøgte et internationalt hold af forskere stedet for at studere akustikken.