Hartă a sitului Hypogeum realizată în octombrie 1907
Săpăturile arheologice ulterioare indică faptul că a existat cândva un altar de suprafață care marca intrarea în Hypogeum, distrugerea sa ulterioară protejând probabil structura inferioară de descoperire timp de mii de ani. Nu a rămas nimic dintr-o potențială incintă care ar fi marcat intrarea în Hypogeum. Este posibil ca structura subterană să fi pornit de la o peșteră naturală, extinsă în timp prin tăierea directă în stâncă cu unelte rudimentare, inclusiv coarne de cerb, silex, chert și obsidian. Camerele de înmormântare de la nivelul superior al Hypogeum-ului datează din primele faze ale perioadei Templului Maltez, iar camerele inferioare datează mai târziu. Este posibil ca situl să fi fost folosit pentru prima dată încă din anul 4000 î.Hr. și a fost probabil folosit până în jurul anului 2500 î.Hr. pe baza analizei mostrelor de ceramică și a examinării rămășițelor umane.
Structura templului folosește o direcție atentă a luminii de la suprafață pentru a pătrunde în camerele inferioare, cu modele complicate pictate pe porțiuni ale tavanului cu ocru roșu, urmând motive de pete, spirale și alveole. Una dintre camerele principale, numită „Sfânta Sfintelor”, pare a fi orientată în așa fel încât lumina de la solstițiul de iarnă să-i lumineze fațada din deschiderea originală de deasupra.
O nișă de rezonanță tăiată în camera din mijloc, numită Camera Oracolului, a fost posibil să fi fost proiectată pentru a proiecta cântări sau tobe în tot restul Hypogeului.
Dama adormită din Ħal Saflieni, Muzeul Național de Arheologie, Valletta
O gamă largă de obiecte au fost recuperate din sit, inclusiv vase de ceramică decorate complex, mărgele de piatră și de lut, nasturi de scoică, amulete, capete de topor și figuri sculptate reprezentând oameni și animale. Cea mai notabilă descoperire a fost Doamna adormită, o figură de lut despre care se crede că reprezintă o zeiță mamă. Figurile variază de la stilul abstract la cel realist, temele principale fiind considerate a fi legate de venerarea morților și de transformarea spirituală. Tehnici artistice complexe sunt, de asemenea, reprezentate, cum ar fi în cazul unui singur castron mare de ceramică care folosea atât teme naturaliste, cât și stilizate, cu o parte reprezentând în mod realist bovine, porci și capre, iar cealaltă parte reprezentând animale clocite ascunse în modele geometrice complexe.
În Hypogeu au fost găsite rămășițele a aproximativ 7.000 de indivizi și, deși multe dintre oase au fost pierdute la începutul săpăturilor, majoritatea craniilor au fost depuse la Muzeul Național. Un mic procent din cranii prezintă o alungire anormală a craniului, asemănătoare cu craniile preoților din Egiptul Antic, alimentând speculațiile cu privire la oamenii care au ocupat Hypogeul, precum și cu privire la practicile și credințele lor.
Săpături suplimentare au avut loc între 1990 și 1993 de către Anthony Pace, Nathaniel Cutajar și Reuben Grima. Hypogeum-ul a fost apoi închis pentru vizitatori între 1991 și 2000 pentru lucrări de restaurare; iar de la redeschiderea sa, Heritage Malta (organismul guvernamental care se ocupă de siturile istorice) permite intrarea a doar 80 de persoane pe zi, în timp ce microclimatul sitului este strict reglementat. Cercetarea științifică asupra Hypogeum-ului este în curs de desfășurare, iar în 2014, o echipă internațională de oameni de știință a vizitat Hypogeum-ul pentru a studia acustica.