Mapa do local do Hypogeum feito em outubro de 1907
Escavações arqueológicas posteriores indicam que existiu outrora um santuário de superfície que marcou a entrada para o Hypogeum, com sua posterior destruição provavelmente protegendo a estrutura inferior da descoberta por milhares de anos. Nada resta de qualquer recinto potencial que teria marcado a entrada para o Hypogeum. A estrutura subterrânea pode ter tido origem numa caverna natural, expandida ao longo do tempo através do corte directo na rocha com ferramentas grosseiras, incluindo chifres, sílex, cerne e obsidiana. As câmaras funerárias no nível superior do Hypogeum datam das fases iniciais do Período Templo Maltês, com as câmaras inferiores datando de mais tarde. O local pode ter sido usado pela primeira vez desde 4000 a.C., e provavelmente foi usado até cerca de 2500 a.C., com base na análise de amostras de cerâmica e exame de restos humanos.
A estrutura do templo usa uma direção cuidadosa da luz da superfície para penetrar nas câmaras inferiores, com padrões intrincados pintados em porções do teto com ocre vermelho, seguindo motivos de manchas, espirais e favos de mel. Uma das câmaras principais, chamada “O Santo dos Santos”, parece estar orientada de tal forma que a luz do solstício de inverno iluminou sua fachada desde a abertura original acima.
Um nicho de ressonância cortado na câmara central, chamada Sala do Oráculo, foi possivelmente projetado para projetar cânticos ou tambores em todo o resto do Hypogeum.
A Dama Adormecida de Ħal Saflieni, Museu Nacional de Arqueologia, Valletta
Uma ampla gama de objetos foram recuperados do local, incluindo vasos de cerâmica intrincadamente decorados, contas de pedra e barro, botões de concha, amuletos, cabeças de machado e figuras esculpidas representando seres humanos e animais. A descoberta mais notável foi a Senhora Adormecida, uma figura de barro que se pensava representar uma deusa mãe. As figuras variam do abstrato ao realista em estilo, com temas principais pensados para serem relacionados à veneração dos mortos e à transformação espiritual. Técnicas artísticas complexas também são representadas, como no caso de uma única grande tigela de cerâmica que utilizava temas naturalistas e estilizados, com um lado representando realisticamente bovinos, suínos e caprinos, e o outro lado representando animais nascidos escondidos dentro de padrões geométricos complexos.
Os restos de cerca de 7.000 indivíduos foram encontrados no Hipogeu, e embora muitos dos ossos tenham sido perdidos cedo na escavação, a maioria dos crânios foram depositados no Museu Nacional. Uma pequena percentagem dos crânios tem um alongamento craniano anormal, semelhante aos crânios sacerdotais do Antigo Egipto, alimentando especulações sobre as pessoas que ocuparam o Hipogeu, e as suas práticas e crenças.
Outras escavações foram realizadas entre 1990 e 1993 por Anthony Pace, Nathaniel Cutajar e Reuben Grimajar. O Hypogeum foi então fechado aos visitantes entre 1991 e 2000 para obras de restauração; e desde a sua reabertura, Heritage Malta (o órgão governamental que cuida dos locais históricos) permite a entrada de apenas 80 pessoas por dia, enquanto o microclima do local é estritamente regulamentado. A pesquisa científica sobre o Hypogeum está em curso, e em 2014, uma equipe internacional de cientistas visitou para estudar a acústica.