Après que le navigateur portugais Diogo Cão ait atteint le royaume du Kongo dans le centre-ouest de l’Afrique en 1482, les contacts entre le Kongo et le Portugal se multiplient. Les Portugais dépêchèrent une mission d’assistance technique au Kongo et, en 1491, le roi Kongo Nzinga Nkuwu fut baptisé sous le nom de João I.
L’un des fils de João, Nzinga Mvemba, fut baptisé Affonso et, à la mort de son père en 1506, il assuma le trône du Kongo. Par la suite, les relations entre le Portugal et le Kongo sont devenues beaucoup plus actives. Des missionnaires, des enseignants, des maçons, des charpentiers et des conseillers militaires furent envoyés au roi Affonso, qui payait leurs services en esclaves, en cuivre et en ivoire. De graves problèmes ne tardent pas à apparaître, car de nombreux Portugais préfèrent s’adonner au commerce – en particulier à la traite des esclaves – plutôt que d’exercer leur métier. Les établissements commerciaux portugais sur l’île de São Tomé interféraient également dans les échanges Kongo-Portugais.
En 1512, Affonso demanda un contrôle royal plus strict sur les activités des ressortissants portugais. Le roi Manuel Ier décréta un monopole royal sur le commerce avec le Kongo, dépêcha un envoyé ayant juridiction sur tous les ressortissants portugais, et soumit un vaste plan d’acculturation du Kongo impliquant l’adoption du système juridique portugais, des titres féodaux et de l’étiquette de la cour. Les instructions de Manuel furent largement inefficaces, et la colonie portugaise du Kongo fut bientôt divisée entre une faction royale et une faction favorable aux intérêts de São Tomé, cette dernière prenant de plus en plus le dessus. Le commerce des esclaves devint l’occupation européenne prédominante ; bien qu’Affonso lui-même ait été impliqué dans cette activité et ne s’y opposait pas en principe, il n’appréciait pas du tout que les commerçants s’emparent sans discernement des Africains, y compris même des membres de la noblesse du Kongo.
Les activités missionnaires et éducatives portugaises déclinèrent. Le nombre de missionnaires sous le règne d’Affonso semble n’avoir jamais dépassé 10, tous résidant à la cour. L’un des fils d’Affonso, Dom Henrique, a étudié à Lisbonne et à Rome et a été évêque de São Salvador, la capitale du Kongo, de 1520 à sa mort en 1526. À cette époque, cependant, les effets perturbateurs de la présence portugaise avaient atteint de telles proportions qu’Affonso décréta l’expulsion de tous les Européens, à l’exception des missionnaires et des enseignants. Mais il est contraint d’annuler son ordre et de se contenter de mettre en place un conseil d’inspecteurs chargé de contrôler toutes les transactions commerciales effectuées par des étrangers. Les efforts d’Affonso en 1529 et 1539 pour s’assurer le soutien du Vatican par l’envoi d’une mission à Rome ne rencontrent pas de réel succès. La perturbation croissante de l’autorité royale Kongo culmine avec la tentative de huit Portugais de tirer sur Affonso dans une église le jour de Pâques 1540. Cet incident marque la fin du règne du roi Affonso, bien que la date réelle de sa mort ne soit pas connue. Des factions portugaises ont soutenu des prétendants rivaux au trône, et l’un des petits-fils d’Affonso, Diogo I, est finalement monté sur le trône.
Le règne du roi Affonso a laissé des souvenirs durables en Europe et en Afrique. Le Kongo est resté nominalement catholique au cours du siècle suivant, et la descendance en ligne d’Affonso est devenue une exigence reconnue pour la succession au trône. Dans le même temps, toutes les illusions qui auraient pu être entretenues de part et d’autre quant à la possibilité d’une interaction pacifique entre les cultures de l’Europe occidentale et de l’Afrique ont été brisées sous le règne du roi Affonso ; et une relation qui avait commencé sur une note quasi-idyllique s’est détériorée en moins d’une génération en une exploitation impitoyable de l’Afrique par les Européens.