Carte du site de l’Hypogeum réalisée en octobre 1907
Des fouilles archéologiques ultérieures indiquent qu’il y avait autrefois un sanctuaire de surface qui marquait l’entrée de l’Hypogeum, sa destruction ultérieure ayant probablement protégé la structure inférieure de toute découverte pendant des milliers d’années. Il ne reste rien d’une éventuelle enceinte qui aurait marqué l’entrée de l’hypogée. La structure souterraine pourrait provenir d’une grotte naturelle, agrandie au fil du temps en taillant directement dans la roche avec des outils rudimentaires tels que des bois de cerf, du silex, du chert et de l’obsidienne. Les chambres funéraires du niveau supérieur de l’hypogée datent des premières phases de la période du temple maltais, les chambres inférieures étant plus tardives. Le site pourrait avoir été utilisé pour la première fois dès 4000 av. J.-C., et a probablement été utilisé jusqu’à environ 2500 av. J.-C., d’après l’analyse des échantillons de poterie et l’examen des restes humains.
La structure du temple utilise une direction prudente de la lumière depuis la surface pour pénétrer dans les chambres inférieures, avec des motifs complexes peints sur des portions du plafond avec de l’ocre rouge, suivant des motifs de taches, de spirales et de nids d’abeille. L’une des chambres principales, appelée « Le Saint des Saints », semble être orientée de telle sorte que la lumière du solstice d’hiver illuminait sa façade depuis l’ouverture originale située au-dessus.
Une niche de résonance taillée dans la chambre du milieu, appelée la salle de l’Oracle, était peut-être conçue pour projeter des chants ou des tambours dans le reste de l’Hypogée.
La Dame endormie de Ħal Saflieni, Musée national d’archéologie, La Valette
Un large éventail d’objets a été récupéré sur le site, notamment des récipients en poterie décorés de façon complexe, des perles en pierre et en argile, des boutons en coquillage, des amulettes, des pointes de hache et des figures sculptées représentant des humains et des animaux. La découverte la plus remarquable est la Dame endormie, une figure en argile qui représenterait une déesse mère. Les figures vont de l’abstraction au réalisme, les thèmes principaux étant liés à la vénération des morts et à la transformation spirituelle. Des techniques artistiques complexes sont également représentées, comme dans le cas d’un seul grand bol de poterie qui utilisait à la fois des thèmes naturalistes et stylisés, avec un côté représentant de façon réaliste des bovins, des porcs et des chèvres, et l’autre côté représentant des animaux éclos cachés dans des motifs géométriques complexes.
Les restes de quelque 7 000 individus ont été trouvés dans l’Hypogée, et bien que de nombreux os aient été perdus au début des fouilles, la plupart des crânes ont été déposés au Musée national. Un petit pourcentage des crânes présente une élongation crânienne anormale, similaire aux crânes de prêtres de l’Égypte ancienne, ce qui alimente les spéculations sur le peuple qui occupait l’Hypogée, ses pratiques et ses croyances.
De nouvelles fouilles ont eu lieu entre 1990 et 1993 par Anthony Pace, Nathaniel Cutajar et Reuben Grima. L’Hypogée a ensuite été fermé aux visiteurs entre 1991 et 2000 pour des travaux de restauration ; et depuis sa réouverture, Heritage Malta (l’organisme gouvernemental qui s’occupe des sites historiques) n’autorise l’entrée qu’à 80 personnes par jour, tandis que le microclimat du site est strictement réglementé. La recherche scientifique sur l’Hypogée est en cours, et en 2014, une équipe internationale de scientifiques l’a visité pour étudier l’acoustique.