Kun portugalilainen merenkulkija Diogo Cão saavutti Kongon kuningaskunnan Länsi-Keskisessä Afrikassa vuonna 1482, Kongon ja Portugalin väliset yhteydet lisääntyivät. Portugalilaiset lähettivät Kongoon teknisen avun lähetystön, ja vuonna 1491 Kongon kuningas Nzinga Nkuwu kastettiin nimellä João I.
Yksi Joãon pojista, Nzinga Mvemba, kastettiin Affonsoksi, ja isänsä kuoltua vuonna 1506 hän nousi Kongon valtaistuimelle. Tämän jälkeen Portugalin ja Kongon väliset suhteet vilkastuivat huomattavasti. Kuningas Affonsolle lähetettiin lähetyssaarnaajia, opettajia, muurareita, kirvesmiehiä ja sotilasneuvonantajia, jotka maksoivat palveluksistaan orjilla, kuparilla ja norsunluulla. Pian kehittyi vakavia ongelmia, sillä monet portugalilaiset harjoittivat mieluummin kauppaa – erityisesti orjakauppaa – kuin käsityötaitojaan. São Tomén saarella sijaitsevat portugalilaiset kauppalaitokset sekaantuivat myös Kongon ja Portugalin väliseen kauppaan.
Vuonna 1512 Affonso pyysi tiukempaa kuninkaallista valvontaa portugalilaisten toiminnan suhteen. Kuningas Manuel I määräsi kuninkaallisen monopolin Kongon kanssa käytävään kauppaan, lähetti lähettilään, jolla oli toimivalta kaikkiin portugalilaisiin, ja esitti laajan suunnitelman Kongon akkulturoimiseksi, johon sisältyi portugalilaisen oikeusjärjestelmän, feodaalisten arvonimien ja hovietiketin omaksuminen. Manuelin ohjeet olivat suurelta osin tehottomia, ja Kongon portugalilaissiirtokunta jakaantui pian kuninkaallisen ryhmän ja São Tomén etuja suosivan ryhmän välille, ja jälkimmäinen sai yhä enemmän yliotteen. Orjakaupasta tuli hallitseva eurooppalainen elinkeino; vaikka Affonso itse oli mukana tässä toiminnassa eikä periaatteessa vastustanut sitä, hän paheksui voimakkaasti sitä, että kauppiaat kaappasivat umpimähkäisesti afrikkalaisia, jopa Kongon aateliston jäseniä.
Portugalilainen lähetys- ja koulutustoiminta väheni. Lähetyssaarnaajien määrä Affonson valtakaudella ei näytä koskaan ylittäneen kymmentä, jotka kaikki asuivat hovissa. Yksi Affonson pojista, Dom Henrique, opiskeli Lissabonissa ja Roomassa ja toimi Kongon pääkaupungin São Salvadorin piispana vuodesta 1520 kuolemaansa 1526 asti. Tuohon aikaan portugalilaisten läsnäolon häiritsevät vaikutukset olivat kuitenkin saavuttaneet sellaiset mittasuhteet, että Affonso määräsi kaikkien eurooppalaisten karkottamisen lähetyssaarnaajia ja opettajia lukuun ottamatta. Hän joutui kuitenkin perumaan määräyksensä ja tyytyi perustamaan tarkastuslautakunnan, jonka tehtävänä oli valvoa kaikkia ulkomaalaisten harjoittamia kaupallisia liiketoimia. Affonson vuosina 1529 ja 1539 tekemät yritykset saada Vatikaanin tuki lähettämällä lähetystö Roomaan eivät tuottaneet todellista menestystä. Kongon kuninkaallisen vallan lisääntyvä horjuminen huipentui kahdeksan portugalilaisen yritykseen ampua Affonso kirkossa pääsiäispäivänä 1540. Tähän välikohtaukseen kuningas Affonson valtakausi päättyi, vaikka hänen varsinaista kuolinpäivämääräänsä ei tiedetä. Portugalilaiset ryhmittymät tukivat kilpailevia kruununhakijoita, ja yksi Affonson pojanpojista, Diogo I, nousi lopulta valtaistuimelle.
Kuningas Affonson hallituskausi jätti pysyviä muistoja Eurooppaan ja Afrikkaan. Kongo pysyi nimellisesti katolisena seuraavan vuosisadan ajan, ja Affonson suvunjohtoisesta polveutumisesta tuli tunnustettu edellytys kruununperimykselle. Samaan aikaan kuningas Affonson valtakaudella murskaantuivat molemminpuoliset illuusiot länsieurooppalaisten ja afrikkalaisten kulttuurien välisen rauhanomaisen vuorovaikutuksen mahdollisuudesta, ja lähes idyllisesti alkanut suhde muuttui alle yhdessä sukupolvessa eurooppalaisten harjoittamaksi Afrikan häikäilemättömäksi hyväksikäytöksi
.