Hypogeumin sijaintikartta, joka on tehty lokakuussa 1907
Myöhempien arkeologisten kaivausten mukaan Hypogeumin sisäänkäyntiä merkitsi aikoinaan maanpäällinen pyhäkkö, jonka myöhempi tuhoutuminen suojasi alempaa rakennelmaa todennäköisesti tuhansilta vuosilta. Mitään ei ole jäljellä mistään mahdollisesta kotelosta, joka olisi merkinnyt sisäänkäyntiä Hypogeumiin. Maanalainen rakenne on saattanut olla peräisin luonnollisesta luolasta, jota on ajan mittaan laajennettu leikkaamalla suoraan kallioon karkeilla työkaluilla, kuten sarvikuonoilla, piikivellä, piikivellä ja obsidiaanilla. Hypogeumin ylemmän tason hautakammiot ajoittuvat Maltan temppelikauden varhaisvaiheisiin ja alemmat kammiot myöhempään aikaan. Kohde on saattanut olla ensimmäisen kerran käytössä jo vuonna 4000 eaa. ja sitä käytettiin todennäköisesti noin vuoteen 2500 eaa. asti keramiikkanäytteiden analyysin ja ihmisjäännösten tutkimisen perusteella.
Temppelirakenteessa on käytetty varovaista valon suuntaamista pinnalta alempiin kammioihin, ja osissa kattoa on maalattu punaisella okkerilla monimutkaisia kuvioita, jotka noudattavat pilkkujen, spiraalien ja hunajakennojen motiiveja. Yksi pääkammioista, nimeltään ”Pyhäin pyhin”, näyttää olevan suunnattu siten, että talvipäivänseisauksen valo valaisi sen julkisivun yläpuolella olevasta alkuperäisestä aukosta.
Keskimmäiseen kammioon leikattu resonanssinurkkaus, jota kutsutaan oraakkelihuoneeksi, suunniteltiin kenties siten, että se heijastaisi laulua tai rummutusta kaikkialle muualle Hypogeumiin.
The Sleeping Lady of Ħal Saflieni, National Museum of Archaeology, Valletta
Kohteesta saatiin talteen monenlaisia esineitä, muun muassa taidokkaasti koristeltuja keramiikka-astioita, kivi- ja savihelmiä, simpukkanappeja, amuletteja, kirveenpäitä sekä veistettyjä ihmis- ja eläinkuvioita. Merkittävin löytö oli Sleeping Lady, savihahmo, jonka uskotaan esittävän äitijumalatarta. Hahmojen tyyli vaihtelee abstraktista realistiseen, ja niiden tärkeimpien aiheiden uskotaan liittyvän kuolleiden kunnioittamiseen ja henkiseen muutokseen. Monimutkaisia taiteellisia tekniikoita on myös edustettuna, kuten yksittäisessä suuressa keramiikkakulhossa, jossa hyödynnettiin sekä naturalistisia että tyyliteltyjä aiheita: toisella puolella kuvattiin realistisesti nautoja, sikoja ja vuohia ja toisella puolella kuoriutuneita eläimiä, jotka oli kätketty monimutkaisten geometristen kuvioiden sisälle.
Hypogeumista löydettiin noin 7 000 ihmisen jäännökset, ja vaikka monet luista katosivat jo varhaisessa vaiheessa kaivausten aikana, suurin osa pääkalloista talletettiin kansallismuseoon. Pienellä osalla kalloista on epänormaali kallonpidennys, joka muistuttaa muinaisen Egyptin pappiskalloja, mikä ruokkii spekulaatioita Hypogeumissa asuneista ihmisistä sekä heidän käytännöistään ja uskomuksistaan.
Jatkokaivauksia tekivät vuosina 1990-1993 Anthony Pace, Nathaniel Cutajar ja Reuben Grima. Sen jälkeen Hypogeum suljettiin vierailijoilta vuosina 1991-2000 restaurointitöiden vuoksi, ja sen uudelleen avaamisen jälkeen Heritage Malta (historiallisista kohteista huolehtiva valtion elin) sallii sisäänpääsyn vain 80 henkilölle päivässä, ja kohteen mikroilmastoa säännellään tiukasti. Hypogeumin tieteellinen tutkimus on käynnissä, ja vuonna 2014 siellä vieraili kansainvälinen tutkijaryhmä tutkimassa akustiikkaa.