Nachdem der portugiesische Seefahrer Diogo Cão 1482 das Königreich Kongo in West-Zentralafrika erreicht hatte, mehrten sich die Kontakte zwischen Kongo und Portugal. Die Portugiesen entsandten eine Mission zur technischen Unterstützung nach Kongo, und 1491 wurde der Kongo-König Nzinga Nkuwu auf den Namen João I. getauft.
Einer von Joãos Söhnen, Nzinga Mvemba, wurde auf den Namen Affonso getauft und übernahm nach dem Tod seines Vaters 1506 den Thron von Kongo. In der Folgezeit wurden die Beziehungen zwischen Portugal und dem Kongo wesentlich aktiver. Missionare, Lehrer, Maurer, Zimmerleute und Militärberater wurden zu König Affonso geschickt, der ihre Dienste mit Sklaven, Kupfer und Elfenbein bezahlte. Schon bald kam es zu ernsthaften Problemen, denn viele Portugiesen zogen es vor, Handel zu treiben – vor allem Sklavenhandel – anstatt ihr Handwerk auszuüben. Portugiesische Handelsniederlassungen auf der Insel São Tomé mischten sich ebenfalls in den kongo-portugiesischen Handel ein.
Im Jahr 1512 forderte Affonso eine strengere königliche Kontrolle über die Aktivitäten der Portugiesen. König Manuel I. erließ ein königliches Monopol für den Handel mit dem Kongo, entsandte einen Gesandten mit Zuständigkeit für alle Portugiesen und legte einen umfassenden Plan für die Akkulturation des Kongo vor, der die Übernahme des portugiesischen Rechtssystems, der Feudaltitel und der Hofetikette vorsah. Manuels Anweisungen blieben weitgehend wirkungslos, und die portugiesische Kolonie im Kongo war bald zwischen einer königlichen Fraktion und einer Fraktion, die die Interessen von São Tomé vertrat, gespalten, wobei letztere zunehmend die Oberhand gewann. Der Sklavenhandel wurde zur vorherrschenden europäischen Beschäftigung; obwohl Affonso selbst in diese Tätigkeit involviert war und sie nicht prinzipiell ablehnte, nahm er den Händlern die wahllose Ergreifung von Afrikanern, darunter auch Mitglieder des kongolesischen Adels, sehr übel.
Die portugiesischen Missions- und Bildungsaktivitäten gingen zurück. Die Zahl der Missionare während der Herrschaft von Affonso scheint nie mehr als 10 gewesen zu sein, die alle am Hof residierten. Einer von Affonsos Söhnen, Dom Henrique, studierte in Lissabon und Rom und diente von 1520 bis zu seinem Tod 1526 als Bischof von São Salvador, der Hauptstadt des Kongo. Zu diesem Zeitpunkt hatten die störenden Auswirkungen der portugiesischen Präsenz jedoch bereits ein solches Ausmaß erreicht, dass Affonso die Ausweisung aller Europäer mit Ausnahme von Missionaren und Lehrern verfügte. Er sah sich jedoch gezwungen, diese Anordnung zurückzunehmen und sich mit der Einsetzung eines Inspektionsgremiums zu begnügen, das alle von Ausländern getätigten Handelsgeschäfte kontrollieren sollte. Affonsos Bemühungen in den Jahren 1529 und 1539, sich durch die Entsendung einer Mission nach Rom die Unterstützung des Vatikans zu sichern, waren nicht wirklich erfolgreich. Die zunehmende Zerrüttung der königlichen Autorität im Kongo gipfelte in dem Versuch von acht Portugiesen, Affonso am Ostertag 1540 in der Kirche zu erschießen. Mit diesem Vorfall endete die Herrschaft von König Affonso, obwohl das tatsächliche Datum seines Todes nicht bekannt ist. Portugiesische Fraktionen unterstützten rivalisierende Anwärter auf den Thron, und einer von Affonsos Enkeln, Diogo I., bestieg schließlich den Thron.
Die Herrschaft von König Affonso hinterließ in Europa und Afrika bleibende Erinnerungen. Der Kongo blieb im folgenden Jahrhundert nominell katholisch, und die Abstammung von Affonso wurde zu einer anerkannten Voraussetzung für die Thronfolge. Gleichzeitig wurden alle Illusionen, die man sich auf beiden Seiten über die Möglichkeit einer friedlichen Interaktion zwischen den Kulturen Westeuropas und Afrikas gemacht hatte, durch die Herrschaft von König Affonso zunichte gemacht; und eine Beziehung, die mit einer quasi idyllischen Note begonnen hatte, verschlechterte sich in weniger als einer Generation zur rücksichtslosen Ausbeutung Afrikas durch die Europäer.