É bem conhecido que o apoplast nos tecidos das plantas contém nutrientes minerais ricos, e torna-se o principal factor para os microrganismos prosperarem no apoplast. Embora existam sistemas de imunidade apoplásica, mas existem agentes patogénicos que têm agentes efetores que podem modular a imunidade do hospedeiro ou suprimir as respostas imunitárias conhecidas como suscetibilidade aos agentes efetores. Outro fator que os patógenos colonizam o espaço apoplástico tão freqüentemente é porque quando eles entram nas plantas a partir das folhas, o primeiro lugar que eles se deparam é o espaço apoplástico. Portanto, o apoplast é uma interface biótica popular e também um reservatório para micróbios. Uma das doenças apoplásticas comuns aparecem em plantas sem habitat ou clima restrito é a podridão negra, causada pela bactéria gram-negativa Xanthomonas campestris.
As bactérias apóplásicas podem causar graves problemas na agricultura de forma a inibir o crescimento das plantas através da alcalinização do apoplásto com seus voláteis. Em especial, as rizobactérias foram descobertas que seu principal componente dos voláteis é fitotóxico, é identificado como 2-feniletanol. O 2-feniletanol pode influenciar a regulação do WRKY18 que é um fator de transcrição que se envolve em múltiplos hormônios vegetais, um deles é o ácido abscísico (ABA) hormônio. O 2-feniletanol modula a sensibilidade do ABA através do WRKY18 e WRKY40, mas o WRKY18 é o mediador central da via de desencadeamento da morte celular e modulação da sensibilidade do ABA influenciada pelo 2-feniletanol. Portanto, resulta na inibição do crescimento radicular, e as plantas não têm capacidade de crescer sem que as raízes absorvam nutrientes nos solos.
No entanto, a colonização microbiana no apoplastos nem sempre é prejudicial para as plantas, de fato, pode ser benéfico estabelecer uma relação simbiótica com o hospedeiro. Um dos exemplos é que os micróbios endófitos e filosféricos podem indiretamente promover o crescimento das plantas e proteger a planta de outros patógenos, induzindo as vias de sinalização de ácido salicílico (SA) e ácido jasmônico (JA), e ambos são partes dos padrões moleculares associados ao patógeno desencadeados pela imunidade (PTI). As produções de hormônios SA e JA também modulam a sinalização ABA para serem os componentes na expressão do gene de defesa, e há muito mais respostas com o envolvimento de outros hormônios para responder a diferentes pressões bióticas e abióticas. Na experiência realizada por Romero et al., inocularam as conhecidas bactérias entofíticas, Xanthomonas, em Canola, uma planta que cresce em múltiplos habitats, e encontraram seus fluidos apopálticos que são 99% de identidade para outra bactéria, Pseudomonas viridiflava, realizando 16 sequências de rRNAS com o Genebank e cepas de referência. Utilizaram ainda os marcadores no factor transcripcional SA-responsivo e outros genes específicos como a lipoxigenase 3 como marcadores para a sinalização JA e ABA para realizar a PCR quantitativa de transcrição inversa. Demonstrou que a Xanthomonas só activa o gene relacionado da via SA, em comparação, a Pseudomonas viridiflava é capaz de desencadear os genes da via SA e JA, o que sugere que a Pseudomonas viridiflava originalmente em Canola pode estimular a PTI através da acumulação de ambas as vias de sinalização para inibir o crescimento da Xanthomonas. Em conclusão, o apoplast atua como um papel crucial nas plantas, envolvendo em todos os tipos de regulamentações hormonais e de transporte de nutrientes, portanto, uma vez colonizada, o efeito que ela traz não pode ser negligenciado.