Il est bien connu que l’apoplaste dans les tissus des plantes contient des nutriments minéraux riches, et cela devient le facteur principal pour les micro-organismes de se développer à l’apoplaste. Même s’il existe des systèmes d’immunité apoplastique, certains agents pathogènes possèdent des effecteurs qui peuvent moduler l’immunité de l’hôte ou supprimer les réponses immunitaires (susceptibilité déclenchée par les effecteurs). Si les agents pathogènes colonisent si fréquemment l’espace apoplastique, c’est aussi parce que lorsqu’ils pénètrent dans les plantes à partir des feuilles, le premier endroit qu’ils rencontrent est l’espace apoplastique. Par conséquent, l’apoplaste est une interface biotique populaire et également un réservoir pour les microbes. Une des maladies apoplastiques communes apparaissent dans les plantes sans habitat ou climat restreint est la pourriture noire, causée par la bactérie gram-négative Xanthomonas campestris.
Les bactéries entophytiques peuvent causer de graves problèmes en agriculture d’une manière d’inhiber la croissance des plantes en alcalinisant l’apoplaste avec leurs volatiles. En particulier, la rhizobactérie a été trouvé que son composant majeur des volatiles sont phytotoxiques, il est identifié comme 2-phényléthanol. Le 2-phényléthanol peut influencer la régulation de WRKY18 qui est un facteur de transcription qui s’engage dans de multiples hormones végétales, l’une d’entre elles est l’hormone acide abscissique (ABA). Le 2-phyényléthanol module la sensibilité à l’ABA par l’intermédiaire de WRKY18 et WRKY40, mais WRKY18 est le médiateur central de la voie de déclenchement de la mort cellulaire et de la modulation de la sensibilité à l’ABA influencée par le 2-phyényléthanol. Par conséquent, cela entraîne l’inhibition de la croissance des racines, et les plantes n’ont pas la capacité de croître sans que les racines absorbent les nutriments dans les sols.
Cependant, la colonisation microbienne dans l’apoplaste n’est pas toujours nuisible aux plantes, en effet, elle peut être bénéfique pour établir une relation symbiotique avec l’hôte. Par exemple, les microbes de l’endophyte et de la phyllosphère peuvent indirectement favoriser la croissance des plantes et les protéger d’autres agents pathogènes en induisant les voies de signalisation de l’acide salicylique (SA) et de l’acide jasmonique (JA), qui font toutes deux partie de l’immunité déclenchée par les modèles moléculaires associés aux agents pathogènes (PTI). Les productions d’hormones SA et JA modulent également la signalisation ABA pour être les composants de l’expression des gènes de défense, et il y a beaucoup plus de réponses avec l’implication d’autres hormones pour répondre à différents stress biotiques et abiotiques. Dans l’expérience réalisée par Romero et al. ils ont inoculé la bactérie entophytique connue, Xanthomonas, dans le canola, une plante qui pousse dans de multiples habitats, et ils ont trouvé ses fluides apopaltiques qui sont à 99% identiques à une autre bactérie, Pseudomonas viridiflava, en effectuant des séquences d’ARNr 16S avec la Genebank et les souches de référence. Ils ont ensuite utilisé les marqueurs du facteur de transcription sensible au SA et d’autres gènes spécifiques tels que la lipoxygénase 3 comme gènes marqueurs de la signalisation du JA et de la signalisation de l’ABA pour effectuer une PCR quantitative par transcription inverse. Cela a montré que Xanthomonas n’active que le gène lié à la voie SA, en comparaison, Pseudomonas viridiflava est capable de déclencher les gènes des voies SA et JA, ce qui suggère que Pseudomonas viridiflava, originaire de Canola, peut stimuler le PTI par l’accumulation des deux voies de signalisation pour inhiber la croissance de Xanthomonas. En conclusion, l’apoplaste joue un rôle crucial dans les plantes, impliquant toutes sortes de régulations de l’hormone et du transport des nutriments, donc une fois qu’il a été colonisé, l’effet qu’il apporte ne peut pas être négligé.