Traktát Janu XXII
Ockham se v Avignonu opět setkal s Janem Lutterellem; v traktátu adresovaném papeži Janu XXII. bývalý oxfordský kancléř odsoudil Ockhamovo učení o Sentencích a vyčetl z něj 56 tezí, které označil za vážně chybné. Lutterell se poté stal členem komise šesti teologů, která na základě výňatků z Ockhamova komentáře vypracovala postupně dvě zprávy, z nichž druhá byla přísněji kritická. Ockham však papeži předložil jiný výtisk Ordinatio, v němž provedl některé opravy. Zdálo se, že bude za své učení odsouzen, ale k odsouzení nikdy nedošlo.
V klášteře, kde pobýval v Avignonu, se Ockham setkal s Bonagratiem z Bergama, doktorem civilního a kanonického práva, který byl pronásledován pro svůj odpor k Janu XXII. v problému františkánské chudoby. Dne 1. prosince 1327 přijel do Avignonu františkánský generál Michael z Ceseny a ubytoval se ve stejném klášteře; i on byl předvolán papežem v souvislosti se sporem o držbu majetku. Jejich spory se týkaly teoretického problému, zda Kristus a jeho apoštolové vlastnili zboží, které používali, tedy zda se vzdali veškerého vlastnictví (soukromého i firemního), vlastnického práva a práva na užívání majetku. Michael tvrdil, že vzhledem k tomu, že se Kristus a jeho apoštolové zřekli veškerého vlastnictví a všech práv na majetek, jsou františkáni oprávněni pokoušet se o totéž.
Vztahy mezi Janem a Michaelem se neustále zhoršovaly, a to do té míry, že 26. května 1328 Michael v doprovodu Bonagratia a Viléma uprchl z Avignonu. Ockham, který byl již svědkem v odvolání tajně sepsaném Michalem 13. dubna, toto odvolání veřejně podpořil v září v Pise, kde se tři františkáni zdržovali pod ochranou císaře Ludvíka IV. bavorského, který byl v roce 1324 exkomunikován a prohlášen Janem XXII. za osobu, která ztratila všechna práva na říši. V roce 1330 ho následovali do Mnichova a poté Ockham horlivě psal proti papežství na obranu přísného františkánského pojetí chudoby i císařství.
Pověřen svým generálním představeným v roce 1328, aby prostudoval tři papežské buly o chudobě, Ockham zjistil, že obsahují mnoho omylů, které ukazují Jana XXII. jako kacíře, který kvůli svému kacířství ztratil mandát. Jeho status pseudopapeže byl podle Ockhama potvrzen v letech 1330-31 jeho kázáními, v nichž navrhoval, že duše spasených se netěší vidění Boha bezprostředně po smrti, ale až poté, co se znovu spojí s tělem při Posledním soudu, což byl názor, který odporoval tradici a byl nakonec odmítnut.
Jeho hlavním sporem nicméně zůstávala otázka chudoby, o níž se domníval, že je tak důležitá pro náboženskou dokonalost, že vyžaduje kázeňskou teorii: kdo se rozhodne žít podle evangelijního pravidla svatého Františka, jde ve stopách Krista, který je Bohem, a tedy králem vesmíru, ale který se zjevil jako chudý člověk, zřekl se vlastnického práva, podřídil se světské moci a chtěl vládnout na této zemi jen díky víře, která mu byla svěřena. Tato vláda se projevuje v podobě církve, která je organizovaná, ale nemá neomylnou autoritu – ani ze strany papeže, ani ze strany koncilu – a je v podstatě společenstvím věřících, které trvá po staletí a jistě bude trvat i nadále, i když se dočasně zredukuje na několik málo lidí, nebo dokonce na jednoho; každý, bez ohledu na postavení nebo pohlaví, má v církvi hájit víru, která je všem společná.
Pro Ockhama je papežova moc omezena svobodou křesťanů, kterou zakládá evangelium a přirozený zákon. Proto je legitimní a v souladu s evangeliem postavit se na stranu císařství proti papežství nebo hájit, jak to učinil Ockham v roce 1339, právo anglického krále na zdanění církevního majetku. V letech 1330 až 1338, v zápalu tohoto sporu, napsal Ockham 15 nebo 16 více či méně politických děl; některá z nich vznikla ve spolupráci, ale Opus nonaginta dierum („Dílo 90 dnů“), nejrozsáhlejší, bylo napsáno samostatně.