Po skončení apartheidu v roce 1994 hledaly jihoafrické podniky odborníky, kteří by se přistěhovali, a řada Nigerijců tak učinila. Odhaduje se, že v roce 2011 žilo v Jihoafrické republice 24 000 Nigerijců.
Velká část dobré vůle Jihoafrické republiky vůči Nigerijcům za podporu ANC během apartheidu zmizela v důsledku aktivit nigerijského organizovaného zločinu v zemi. Nigerijské skupiny organizovaného zločinu, většinou zapojené do nelegálního obchodu s drogami, v Jihoafrické republice v letech 1994-1998 rychle rostly.
Zhoršení vztahů má na svědomí také rostoucí konkurence mezi oběma zeměmi o pozice v multilaterálních organizacích. Nigérie jednala proti Jihoafrické republice s cílem nahradit dosavadního předsedu Jeana Pinga, kterého Nigérie podporuje, jihoafrickou ministryní vnitra Nkosazanou Dlamini-Zumou na vlivném postu předsedy Komise Africké unie. Vztahy se dále zhoršily, když Jihoafrická republika v roce 2011 podpořila současného prezidenta Laurenta Gbagba v boji o vládu nad Pobřežím slonoviny. Po vítězství Dlamini-Zumy ve volbách však nigerijský ministr zahraničních věcí, velvyslanec Olugbenga Ashiru, prohlásil, že ačkoli Nigérie podporovala Pinga na post předsedy AU v „pozici, která byla zásadová spolu s našimi členy ECOWAS a stáli jsme si za ní. Ale jako obvykle mohou lidé naznačovat, že jakmile Nigérie nebyla v táboře JAR, znamená to, že Nigérie je proti JAR. My nejsme proti Jihoafrické republice.“
Kritika lidských právRedakce
ANC vedený Mandelou se snažil pomoci vyřešit politickou krizi v Nigérii od roku 1993 po zrušení nigerijských voleb v červnu 1993. V červnu 1994 nigerijský vojenský vládce generál Sani Abacha zatkl a odsoudil k popravě 40 politických odpůrců včetně bývalé nigerijské hlavy státu Oluseguna Obasanja a také náčelníka Moshoda Abioly. Mandela vyslal arcibiskupa Desmonda Tutua a tehdejšího viceprezidenta Thabo Mbekiho na postupné mise do Nigérie, aby lobbovali za propuštění Obasanja, Abioly a dalších devíti osob.
Až do summitu Společenství národů v roce 1995 byl Mandela Abachou uváděn v omyl, že dojde k odkladu popravy. Jeden z prvních experimentů Jihoafrické republiky s tichou diplomacií však selhal, když Abacha v listopadu 1995 přikročil k popravě devíti ogonských vůdců včetně Kena Saro-Wiwy. Poté jihoafrický prezident Mandela veřejně kritizoval generála Abachu za porušování lidských práv a osobně se zasadil o dvouleté pozastavení členství Nigérie ve Společenství národů.177 Mandela také kritizoval společnost Royal Dutch Shell za to, že navzdory své nepopularitě v Nigérii i ve zbytku světa pokračovala v projektu výstavby plynového komplexu v Nigérii v hodnotě 4 miliard dolarů.178
To vedlo k tomu, že se Jihoafrická republika dostala v Africe do izolace v souvislosti s obviněními, že je:
„zmanipulována“, aby zaujala protinigerijský postoj, a to „silami britského a amerického imperialismu“.
Za měsíc začala Jihoafrická republika couvat ve snaze urovnat své vztahy s ostatními africkými zeměmi a ve snaze získat zpět regionální prestiž mezi ostatními africkými vládami na úkor své mezinárodní prestiže. Dne 29. března 1995 se Wole Soyinka, vůdce nigerijského exilového demokratického hnutí, pokusil uspořádat v Jihoafrické republice konferenci. Jihoafrická vláda reagovala tím, že šest týdnů před konferencí odmítla nigerijským demokratům udělit jakákoli víza. Jihoafrická vládnoucí politická strana ANC vyzvala ke zrušení konference.
Nigerijský debakl donutil Jihoafrickou republiku k novému přístupu k zahraniční politice. Vedl zemi k opuštění politiky „jít na vlastní pěst“ a k politice, která usilovala o budování partnerství s ostatními africkými státy prostřednictvím regionálních a kontinentálních orgánů. Jihoafrickou republiku to také přimělo k neochotě zapojit se do jakékoli konfrontace s jinými africkými státy. 178
Vízová omezení a vyhoštěníRedakce
Vztahy mezi oběma zeměmi byly poškozeny v roce 2012, kdy bylo 125 nigerijských cestujících do Jihoafrické republiky vyhoštěno kvůli tomu, že neměli platné osvědčení o žluté zimnici. Na oplátku Nigérie vyhostila 56 jihoafrických podnikatelů. To přimělo obě země zahájit jednání o zmírnění cestovních a vízových omezení mezi oběma zeměmi jako prostředku k posílení dvoustranných vztahů a obchodu.