En peptid är det namn som tilldelas korta polymerer av aminosyror. De klassificeras efter antalet aminosyreenheter i kedjan, så kallade aminosyrarester. Tripeptider har tre aminosyrarester medan tetrapeptider har fyra. En polypeptid bildas när kedjan av aminosyrarester överstiger flera dussin i längd. Ett protein är en molekyl som består av en eller flera polypeptidkedjor.
Proteiner är ogrenade polymerer av aminosyror som är kopplade huvud mot svans från karboxylgrupp till aminogrupp genom bildande av kovalenta peptidbindningar. Ett proteins peptidryggrad består av den upprepade sekvensen
-N-Ca- C, där N står för amidkväve, Ca står för a-kolatom för en aminosyra i polymerkedjan och det sista C är aminosyrans karbonylkol. Detta C är i sin tur kopplat till amid-N i nästa aminosyra och så vidare i kedjan. Den oförgrenade polypeptidkedjan har två ändar, en aminoterminal eller N-terminal ände och en karboxylterminal eller C-terminal ände.