När apartheid upphörde 1994 sökte sydafrikanska företag efter yrkesverksamma personer att invandra och ett stort antal nigerianer gjorde det. Man uppskattar att 24 000 nigerianer bodde i Sydafrika 2011.
En stor del av Sydafrikas goda vilja gentemot nigerianerna för att de stödde ANC under apartheid har försvunnit på grund av den nigerianska organiserade brottslighetens verksamhet i landet. Nigerianska organiserade brottsgrupper, som mestadels är inblandade i olaglig narkotikahandel, i Sydafrika växte snabbt mellan 1994 och 1998.
Den ökande konkurrensen mellan de två länderna om positioner i multilaterala organisationer anses också ha försämrat relationerna. Nigeria agerade mot Sydafrika för att ersätta den sittande Jean Ping, som Nigeria stöder, med den sydafrikanska inrikesministern Nkosazana Dlamini-Zuma för den mäktiga posten som ordförande för Afrikanska unionens kommission. Förbindelserna försämrades ytterligare när Sydafrika stödde den sittande presidenten Laurent Gbagbo för att få kontroll över Elfenbenskusten 2011. Efter att Dlamini-Zuma vann valet förklarade Nigerias utrikesminister, ambassadör Olugbenga Ashiru, att även om Nigeria stödde Ping för posten som AU:s ordförande ”var det en ståndpunkt som var principiell tillsammans med våra ECOWAS-medlemmar och vi stod fast vid den. Men som vanligt kan folk insinuera att när Nigeria inte var i Sydafrikas läger betyder det att Nigeria är emot Sydafrika. Vi är inte emot Sydafrika”.
Kritik av mänskliga rättigheterEdit
Det Mandela-ledda ANC hade sedan 1993 försökt hjälpa till att lösa den politiska krisen i Nigeria efter att det nigerianska valet i juni 1993 ogiltigförklarats. I juni 1994 arresterade Nigerias militärhärskare, general Sani Abacha, och dömde 40 politiska motståndare till avrättning, däribland Nigerias tidigare statschef Olusegun Obasanjo samt hövding Moshood Abiola. Mandela skickade ärkebiskop Desmond Tutu och den dåvarande vicepresidenten Thabo Mbeki på upprepade uppdrag till Nigeria för att utöva påtryckningar för att få Obasanjo, Abiola och nio andra frisläppta.
Redan fram till Samväldets toppmöte 1995 lät Mandela sig vilseledas av Abacha att tro att avrättningen skulle skjutas upp. Ett av Sydafrikas första experiment med tyst diplomati misslyckades dock när Abacha i november 1995 gick vidare med avrättningen av de nio Ogoni-ledarna, däribland Ken Saro-Wiwa. Efter detta kritiserade Sydafrikas president Mandela sedan offentligt general Abacha för brott mot de mänskliga rättigheterna och drev personligen på för ett tvåårigt upphävande av Nigerias medlemskap i Commonwealth of Nations.177 Mandela kritiserade också Royal Dutch Shell för att de gick vidare med ett gasprojekt på 4 miljarder dollar i Nigeria trots att det var impopulärt i Nigeria och i resten av världen.
Detta ledde till att Sydafrika blev isolerat i Afrika under anklagelser om att det var:
”manipulerade” till att inta en antinigeriansk ståndpunkt av ”den brittiska och amerikanska imperialismens krafter”.
Inom en månad började Sydafrika att backa tillbaka i ett försök att lappa ihop sina relationer med andra afrikanska nationer; och i ett försök att återfå regional prestige bland andra afrikanska regeringar på bekostnad av sin internationella prestige. Den 29 mars 1995 försökte Wole Soyinka, ledare för en nigeriansk demokratisk rörelse i exil, hålla en konferens i Sydafrika. Den sydafrikanska regeringen reagerade genom att vägra bevilja nigerianska demokrater visum under sex veckor före konferensen. Sydafrikas styrande politiska parti, ANC, krävde att konferensen skulle ställas in.
Det nigerianska debaclet tvingade Sydafrika till en ny utrikespolitisk strategi. Det ledde till att landet övergav en ”go it alone”-politik och övergick till en politik som syftade till att bygga upp partnerskap med andra afrikanska stater genom regionala och kontinentala organ. Det gjorde också Sydafrika motvilligt inställt till konfrontationer med andra afrikanska stater.178
Visumrestriktioner och utvisningarRedigera
Relationerna mellan de två länderna skadades 2012 när 125 nigerianska resenärer till Sydafrika utvisades på grund av att de inte hade giltiga intyg om gula febern. Som vedergällning utvisade Nigeria 56 sydafrikanska affärsmän. Detta föranledde de två länderna att inleda diskussioner om att lätta på rese- och visumrestriktionerna mellan de två länderna som ett sätt att förbättra de bilaterala förbindelserna och handeln.