Religionstillhörighet i Nigeria är starkt relaterad till etnicitet, med ganska tydliga regionala uppdelningar mellan etniska grupper. De norra delstaterna, som domineras av Hausa- och Fulani-grupperna, är till övervägande del muslimska, medan de södra etniska grupperna har ett stort antal kristna. I sydväst finns ingen dominerande religion. Yorubastammen, som är den etniska majoritetsgruppen i sydväst, praktiserar kristendom, muslimer och/eller den traditionella yorubareligionen, som bygger på tron på en högsta gud och flera mindre gudar.
Den övergripande statistiken visar att omkring 50 procent av befolkningen är muslimer, där majoriteten praktiserar den sunnitiska grenen av tron. Cirka 40 % är kristna och cirka 10 % utövar traditionella afrikanska religioner eller ingen religion alls. Många människor
inkluderar delar av traditionella trosuppfattningar i sin egen utövning av kristendom eller islam. Det kristna samfundet består av romerska katoliker (det största trossamfundet), metodister, anglikaner, baptister, presbyterianer och medlemmar av evangeliska och pingstvänliga grupper.
Trots att konstitutionen förbjuder delstatliga och lokala myndigheter att förklara en officiell religion har ett antal delstater nyligen antagit olika former av islamisk straff- och civilrätt som kallas shari’ah, vilket många kristna anser vara ett antagande av islam som de facto religion. Konstitutionen föreskriver också religionsfrihet, men vissa stater har begränsat religiösa demonstrationer, processioner eller sammankomster av hänsyn till den allmänna säkerheten. Företagare och offentliga tjänstemän har varit kända för att diskriminera personer med en annan tro än sin egen när det gäller tillhandahållande av tjänster och anställning. Samma typ av diskriminering förekommer mellan medlemmar av olika etniska grupper. Vissa kristna och muslimska helgdagar firas officiellt.
Det finns en hög grad av spänning mellan kristna och muslimer med ett register över våld mot båda grupperna. Konflikterna kan dock främst bero på etniska och regionala skillnader, eftersom det finns ett antal rapporter om våld mellan olika etniska grupper av samma religion.