Madagaskar koloniserades först av människor för ungefär 2000 år sedan. Madagaskars bosättare var antingen indonesier eller människor av blandad indonesisk/afrikansk härkomst. Arabiska handelsmän anlände till ön omkring 800-900 e.Kr. när köpmän började handla längs den norra kusten.
Den första kända europé som såg Madagaskar var en portugisisk sjökapten, Diogo Dias, som upptäckte ön den 10 augusti 1500, efter att ha blivit blåst ur kurs på väg till Indien. Han gav ön namnet St Lawrence. Senare under 1500-talet försökte portugiserna, fransmännen, holländarna och engelsmännen alla etablera handelssamhällen på Madagaskar. Alla dessa misslyckades på grund av fientliga förhållanden och våldsamma strider från lokala malagassiska krigare.
Européerna fick först fotfäste på Madagaskar i slutet av 1600-talet när pirater härjade på öns östkust. Dessa pirater använde Madagaskar som bas för att attackera fartyg som förde varor tillbaka till Europa från Indien. På 1700-talet försökte fransmännen etablera militära positioner på östkusten men misslyckades återigen. I början av 1800-talet var den enda bosättning som fransmännen kunde göra anspråk på ön Sainte Marie.
Under tiden, under 1700-talet, etablerade Sakalavas på västkusten Madagaskars första kungadöme. År 1810 etablerade deras rivaler, Merina, ett kungadöme över större delen av resten av ön. Deras kung, Radama I, upprättade förbindelser med britterna och öppnade landet för engelska missionärer som spred kristendomen över hela ön och skrev ut malagasy till ett skriftspråk. Under Radamas regeringstid förde en industriell revolution i miniatyr in industrin på ön. Efter Radamas död efterträddes han av sin änka, Ranavalona I, som terroriserade landet i 33 år genom att förfölja kristna, fördriva utlänningar, avrätta politiska rivaler och återuppliva sedvänjan att döda barn som föddes på olycksdagar. Efter hennes död återupprättades förbindelserna med Europa.
1883 invaderade Frankrike Madagaskar och 1896 hade Frankrike etablerat ett styre över ön, som blev en fransk koloni. Frankrike använde Madagaskar som en källa för timmer och exotiska kryddor, som vanilj. Madagaskrarna hade två stora uppror mot fransmännen, 1918 och 1947, men landet blev inte självständigt förrän den 26 juni 1960.
År 1975 tog Didier Ratsiraka kontroll över landet. Han styrde Madagaskar som diktator tills han störtades 1991 i samband med en ekonomisk kollaps. Han återfick presidentposten kort därefter och styrde tills han förlorade ett omtvistat val 2001. Den nya presidenten, Marc Ravalomanana, lovade att införa demokrati i landet. Efter att ha börjat sälja yoghurt på gatorna bakifrån sin cykel byggde Ravalomanana upp ett affärsimperium och blev Madagaskars rikaste man. År 2005 är han fortfarande president och ekonomin fortsätter att förbättras.
