Ammonifiering är den process genom vilken det organiskt bundna kvävet i mikrobiell, vegetabilisk och animalisk biomassa återvinns efter deras död. Ammonifiering utförs av en mängd olika mikroorganismer som utför ekologiska nedbrytningstjänster, och dess produkt är ammoniak eller ammoniumjoner. Ammonium är en lämplig näringskälla för många växtarter, särskilt de som lever i sura jordar. De flesta växter kan dock inte utnyttja ammonium effektivt, och de behöver nitrat som sin viktiga källa till kväve näring.
Nitrat syntetiseras från ammonium genom en viktig bakteriell process som kallas nitrifikation. Det första steget i nitrifikationen är oxidationen av ammonium till nitrit (NO- 2 ), en funktion som utförs av bakterier i släktet Nitrosomonas. När nitriten väl har bildats oxideras den snabbt vidare till nitrat av bakterier i släktet Nitrobacter. De bakterier som ansvarar för nitrifikation är mycket känsliga för syra, så denna process förekommer inte i någon större utsträckning i sur jord eller surt vatten. Detta är anledningen till att växter i sura livsmiljöer måste kunna utnyttja ammonium som källa till kväve näring.