Marion Sinclair dog 1988, så låten är fortfarande upphovsrättsligt skyddad enligt australisk upphovsrättslagstiftning. Förlagsrättigheterna innehas av Larrikin Music. I USA förvaltas rättigheterna av Music Sales Corporation i New York City.
I juni 2009 stämde Larrikin Music bandet Men at Work för upphovsrättsintrång och hävdade att en del av flöjtriffet i bandets singel ”Down Under” från 1981 var kopierat från ”Kookaburra”. Denna talan följde på ett avsnitt av Spicks and Specks där denna användning låg till grund för en panelfråga. Advokaten för bandets skivbolag och förlag (Sony BMG Music Entertainment och EMI Songs Australia) hävdade att upphovsrätten enligt det avtal enligt vilket låten skrevs faktiskt innehades av Girl Guides Association. Den 30 juli 2009 fattade domaren Peter Jacobson vid Australiens federala domstol ett preliminärt beslut om att Larrikin hade upphovsrätten till låten, men att frågan om huruvida låtskrivarna Colin Hay och Ron Strykert hade plagierat riffet skulle avgöras vid ett senare tillfälle. Den 4 februari 2010 meddelade domare Jacobson sin dom att Men at Work hade gjort intrång i Larrikins upphovsrätt och att båda de inspelningar som lämnats in till domstolen ”… återger en väsentlig del av Kookaburra”. Larrikin ansökte därefter hos domstolen om att få mellan 40 och 60 procent av de royalties för låten som retroaktivt hänförts till 1981, men den 6 juli 2010 tillerkände domare Jacobson företaget 5 procent av de royalties som retroaktivt hänförts till 2002 – vilket tros vara ett sexsiffrigt belopp.
Den 31 mars 2011 avslogs ett överklagande från skivbolaget EMI av domarna Arthur Emmett, Jayne Jagot och John Nicholas, som konstaterade att det hade skett ett intrång i upphovsrätten till melodin ”Kookaburra Sits in the Old Gum Tree”. En av bandets låtskrivare, Colin Hay, sade efteråt att resultatet var en besvikelse och att de skulle överväga sin ståndpunkt efter att ha granskat domen närmare. I oktober 2011 förlorade bandet sitt sista domstolsförsök när Australiens högsta domstol vägrade att pröva ett överklagande.