Det finns för närvarande fyra bevarade exemplar av Johannes’ hemliga uppenbarelse. De är i stort sett likadana i sin grundläggande struktur och sitt innehåll. En anmärkningsvärd skillnad mellan kodicerna är deras individuella längd. Berlinkodexen och Nag Hammadi kodex III är kortare än Nag Hammadi kodex I och II. En annan skillnad mellan kodicerna är skildringen av Frälsaren/Kristusfiguren. I Berlinkodexen används i allmänhet termen ”Kristus” oftare, medan berättelsen i Nag Hammadi Codex III ofta ersätter termen ”Herre” eller ”Frälsare”. Nag Hammadi Codex III avslutar dock sin text med bönen ”Jesus Kristus, Amen”. En ytterligare skillnad, när det gäller den kristna inramningen av texterna, är att Nag Hammadi Codex III går mer i detalj in på Kristus/frälsaren-figurens nedstigande i Demiurgens fängelsevärld och hans roll när det gäller att underlätta mänsklighetens återuppväckande och befrielse. Dessa skillnader kan representera en viss grad av variation i det sätt på vilket den gnostiska kosmologin vävdes in i ett kristet sammanhang.
Den nedanstående sammanfattningen av apokryfen är hämtad från Wisses översättning.
Texten börjar med att Johannes beskriver sitt eget tillstånd av sorg och förvirring efter Kristi korsfästelse. Frälsaren dyker sedan upp, tar olika former och efter att ha fördrivit Johannes rädsla ger han följande kosmologiska berättelse.
Den högsta gudomliga principen är monaden. Monaden beskrivs som en ”monarki med ingenting över sig”. Han är suverän, absolut, evig, oändlig, perfekt, helig och självtillräcklig. Emellertid betonas också hans transcendenta ineffektivitet. Han är varken kvantifierbar eller kan hans egenskaper någonsin riktigt beskrivas. Monaden existerar i ofattbar fullkomlighet.
Monaden producerar ur sin tanke en feminin gudomlig entitet eller princip som heter Barbelo. Hon beskrivs som ”den första tanken” och ”bilden” av monaden. Även om Barbelo alltid omnämns som ”hon”, beskrivs hon också som både den ursprungliga modern och fadern. Hon betraktas också som ”den första människan” och beskrivs i olika termer av androgynitet. Hon är den första i en klass av varelser som kallas eoner, och ett utbyte mellan henne och monaden ger upphov till de andra eonerna. Dessutom föds egenskaperna ljus och sinne ur monadens reflektion över Barbelo. Ljuset är synonymt med Kristus, även kallad ”Kristus Autogenes”. Ljuset och sinnet ägnar sig åt ytterligare skapande verksamhet, med hjälp av och förhärligande av Barbelos och monadens överlägsna principer. Tillsammans frambringar de ytterligare eoner och krafter.
Till slut stör en av eonerna, Sophia ”av Epinoia”, harmonin i dessa processer genom att ägna sig åt skapande verksamhet utan deltagande eller samtycke från Monadens Ande och utan hjälp av en manlig gemål. Den kreativa kraften i hennes tankar ger upphov till ett väsen vid namn Yaltabaoth, som är det första i en serie ofullständiga, demoniska väsen som kallas arkonerna. Yaltabaoth, vars karaktär är illvillig och arrogant, har också en grotesk form. Hans huvud är ett lejons huvud medan han har en ormliknande kropp. Sophia, som inser sin avkommas deformerade, ofullkomliga natur, försöker dölja den någonstans där de andra aeonerna inte kommer att upptäcka den. Handlingen att gömma Yaltabaoth har också till följd att Yaltabaoth själv förblir okunnig om den övre världen och de andra Aeonerna.
Trots det faktum att Yaltabaoth endast besitter en enda förälder och skapades utan samtycke från Monadens Ande, är han kraftfull nog att efterlikna de överlägsna Aeonernas kreativa processer. Han skapar en hel mängd andra arkoner, som alla delar sin egen i grunden bristfälliga karaktär, och skapar en värld för dem att bebo. Denna värld är i grunden sämre än världen ovanför. Den är formad av mörker, men besjälad av ljus som stulits från Sophia. Resultatet är en värld som varken är ”ljus eller mörk” utan i stället ”dyster”. I sin arrogans och okunnighet förklarar Yaltabaoth sig själv som den enda och avundsjuka guden i detta rike.
Sofia erkänner Yaltabaoths och hans förfalskade världs ofullkomlighet och omvänder sig. I förlåtelse för sitt misstag bistår monadens ande de andra eonerna och makterna i ett försök att förlossa Sophia och hennes oäkta skapelse. Under denna process hör Yaltabaoth och hans arkoner rösten från Monadens ande. Även om de blir förskräckta av rösten, lämnar dess eko ett spår av en bild av Anden på ”vattnen” som utgör taket på deras rike. I hopp om att utnyttja denna kraft för sig själva försöker de skapa en kopia av denna bild. Slutresultatet av denna process är den första människan, Adam.
Sofia och agenter av den högre ordningen, som på olika sätt kallas ”plenoria” eller ”Epinoia” och senare ”pleroma”, som ser en möjlighet att hämta tillbaka ljuset som är fängslat i mörkret hos Jaltabaoth och hans värld, utarbetar en plan. De lurar Yaltabaoth att blåsa in sin egen andliga essens i Adam. Detta ger samtidigt liv åt Adam och tömmer Yaltabaoth på den del av hans väsen som härrör från Sophia.
Som de ser ljusstyrkan, intelligensen och den allmänna överlägsenheten hos den nu levande Adam, ångrar Yaltabaoth och arkonerna sin skapelse och gör sitt bästa för att fängsla eller göra sig av med honom. Eftersom de inte lyckas med detta försöker de sedan neutralisera honom genom att placera honom i Edens lustgård. I denna berättelse är Edens lustgård ett falskt paradis där trädens frukt är synd, lust, okunnighet, instängdhet och död. Samtidigt som de ger Adam tillgång till livets träd döljer de kunskapens träd om gott och ont. Enligt denna berättelse representerar kunskapens träd i själva verket inträngningen av de positiva krafterna från den högre världen och Epinoia i Jaltabaoths rike.
I denna punkt i berättelsen avslöjar Kristus för Johannes att det var han som fick Adam att äta frukten från kunskapens träd. Dessutom avslöjas det att Eva är en medhjälpare som skickats av agenter av högre ordning för att hjälpa till att befria ljuset som är fängslat i Yaltabaoths skapelse och i Adam. Hon skapas när Yaltabaoth försöker dra ut ljuset ur Adam. Detta resulterar i skapandet av den kvinnliga kroppen. När Adam uppfattar henne ser han en återspegling av sin egen essens och befrias från Yaltabaoths förhäxande makt.
När berättelsen redogör sedan för Yaltabaoths försök att återta kontrollen över ljusets essens. Hans främsta plan är att inleda aktiviteten mänsklig reproduktion, genom vilken han hoppas kunna skapa nya människokroppar bebodda av en förfalskad ande. Denna förfalskade ande gör det möjligt för Yaltabaoth och hans agenter att lura människosläktet och hålla dem i okunnighet om deras sanna natur, och är det främsta sättet för Yaltabaoth att hålla mänskligheten underkuvad. Den är källan till all jordisk ondska och förvirring och får människor att dö ”utan att ha funnit sanningen och utan att känna sanningens Gud”.
Efter detta avslöjande tar berättelsen sedan formen av en serie frågor och svar mellan Johannes och Frälsaren. Dessa tar upp ett antal ämnen, men är till stor del soteriologiska till sin natur. Johannes frågar Kristus vem som är berättigad till frälsning, och Kristus svarar att de som kommer i kontakt med den sanna Anden kommer att få frälsning, medan de som domineras av den falska Anden kommer att få fördömelse. Kristus avslöjar också sin egen roll som en befriande agent från den högre världen i detta sammanhang. Kristus, som beskriver sig själv som ”minnet av Pronoia” och ”minnet av pleroma”, för in ljus i mörkret i Jaltabaoths fängelse. Här väcker han fångarna till vakenhet och minnen. De som tar emot och väcks av Kristi uppenbarelse upphöjs och ”förseglas… i vattnets ljus med fem sigill”. På så sätt slipper de döden och fördömelsen. Denna aspekt av Kristi roll utvecklas mer utförligt i Nag Hammadi Codex III, medan den utelämnas i Berlin Codex.
Detta avslutar Kristi budskap. Slutligen förklarar frälsaren att alla som delar med sig av dessa uppenbarelser för personlig vinning kommer att bli förbannade. Nag Hammadi Codex III-versionen av texten avslutas med bönen ”Jesus Kristus, Amen”.