Agaros i form av 1 %-iga gelplattor med en tjocklek på cirka 1 mm som är buffrade vid högt pH (cirka 8,6) föredras traditionellt för elektrofores och reaktion med antikroppar. Agarosen valdes som gelmatris eftersom den har stora porer som tillåter fri passage och separation av proteiner, men ger ett ankare för immunoprecipitaten av protein och specifika antikroppar. Det höga pH-värdet valdes eftersom antikroppar är praktiskt taget orörliga vid höga pH-värden. En elektroforesutrustning med en horisontell kylplatta rekommenderades normalt för elektroforesen.
Immunoprecipitaten kan ses i den våta agarosgelen, men färgas med proteinfärgningar som Coomassie Brilliant Blue i den torkade gelen. Till skillnad från SDS-gelelektrofores tillåter elektrofores i agaros nativa förhållanden, vilket bevarar den nativa strukturen och aktiviteterna hos de proteiner som undersöks, varför immunoelektrofores tillåter karakterisering av enzymaktiviteter och ligandbindning etc. utöver den elektroforetiska separationen.
Den immunoelektroforesiska analysen ad modum Grabar är den klassiska metoden för immunoelektrofores. Proteiner separeras genom elektrofores, sedan appliceras antikroppar i ett tråg bredvid de separerade proteinerna och immunutfällningar bildas efter en tids diffusion av de separerade proteinerna och antikropparna mot varandra. Införandet av den immunoelektroforiska analysen gav ett stort uppsving för proteinkemin, några av de allra första resultaten var upplösningen av proteiner i biologiska vätskor och biologiska extrakt. Bland de viktiga observationer som gjordes var det stora antalet olika proteiner i serum, förekomsten av flera immunglobulinklasser och deras elektroforetiska heterogenitet.
Korsad immunoelektrofores kallas också tvådimensionell kvantitativ immunoelektrofores ad modum Clarke och Freeman eller ad modum Laurell. I denna metod separeras proteinerna först under elektrofores i den första dimensionen, och i stället för diffusion mot antikropparna elektroforeseras proteinerna sedan i en antikroppsinnehållande gel i den andra dimensionen. Immunutfällning kommer att äga rum under den andra dimensionens elektrofores och immunutfällningarna har en karakteristisk klockform, varje utfällning representerar ett antigen, utfällningens position är beroende av mängden protein och mängden specifik antikropp i gelen, så att en relativ kvantifiering kan utföras. Känsligheten och upplösningsförmågan för korsad immunelektrofores är högre än för den klassiska immunelektroforesiska analysen och det finns flera varianter av tekniken som är användbara för olika ändamål. Korsad immunoelektrofores har använts för studier av proteiner i biologiska vätskor, särskilt humant serum, och biologiska extrakt.
Rocket-immunoelektrofores är endimensionell kvantitativ immunoelektrofores. Metoden har använts för kvantifiering av proteiner i humant serum innan automatiserade metoder blev tillgängliga.
Fused rocket immunoelektrofores är en modifiering av endimensionell kvantitativ immunoelektrofores som används för detaljerad mätning av proteiner i fraktioner från proteinseparationsexperiment.
Affinitetsimmunoelektrofores bygger på förändringar i proteiners elektroforesemönster genom specifik interaktion eller komplexbildning med andra makromolekyler eller ligander. Affinitetsimmunelektrofores har använts för uppskattning av bindningskonstanter, till exempel med lektiner, eller för karakterisering av proteiner med specifika egenskaper som glykaninnehåll eller ligandbindning. Vissa varianter av affinitetsimmunoelektrofores liknar affinitetskromatografi genom användning av immobiliserade ligander.
Den öppna strukturen hos immunoprecipitatet i agarosgelen kommer att möjliggöra ytterligare bindning av radioaktivt märkta antikroppar för att avslöja specifika proteiner. Denna variant har använts för identifiering av allergener genom reaktion med IgE.
Två faktorer avgör att immunelektroforesiska metoder inte används i stor utsträckning. För det första är de ganska arbetsintensiva och kräver viss manuell expertis. För det andra kräver de ganska stora mängder polyklonala antikroppar. I dag är gelelektrofores följt av elektroblottning den föredragna metoden för proteinkarakterisering på grund av att den är lätt att använda, har hög känslighet och kräver få specifika antikroppar. Dessutom separeras proteiner genom gelelektrofores på grundval av deras skenbara molekylvikt, vilket inte åstadkoms genom immunelektrofores, men trots detta är immunelektroforesmetoder fortfarande användbara när icke-reducerande förhållanden behövs.