Under de senaste åren har många HBTQ-personer mördats och vissa lägger skulden för dessa handlingar på politiker och det religiösa samfundet.
Den styckade kroppen av den 19-årige collegestudenten Jorge Steven López Mercado hittades den 14 november 2009 i Cayey, en stad som ligger i öns inre region. López var allmänt känd som volontär för organisationer som förespråkade homosexuellas rättigheter och hivprevention, och aktivister planerade minnesvakanser för honom i städer som San Juan, Chicago och New York. Enligt den lokala polisen utreds det som ett möjligt hatbrott enligt den nyligen antagna federala lagen om hatbrott i USA, som omfattar brott mot personer som är (eller uppfattas som) homosexuella eller transsexuella. Juan A. Martinez Matos greps några dagar efter att López Mercados kropp upptäcktes. Den 12 maj 2010 erkände Martinez Matos sig skyldig och dömdes till 99 års fängelse för mordet på López Mercado.
Den 19 april 2010 upptäcktes kroppen av Ashley Santiago, en transsexuell kvinna som bodde i staden Corozal, i köket i hennes hem. Santiago, som var stylist på en lokal salong, hittades naken på golvet och knivhöggs 14 gånger av en okänd gärningsman.
Den 13 september 2010 hittades kropparna av Justo Luis ”Michelle” Gonzalez och Miguel Orlando ”La Flaca” Soto, två transsexuella, mördade längs en väg i den lilla staden Juana Diaz. I och med dessa två dödsfall har hbtq-aktivister på ön förklarat att nio homosexuella och transsexuella personer har mördats under de senaste tio månaderna på ön, och de lokala myndigheterna har inte reagerat på dessa brott på ett adekvat sätt. I oktober 2012 hittades Malena Suarez, en transsexuell kvinna som bor i Carolina, död i sitt hem till följd av flera knivattacker. Hennes död var det 30:e hbtq-mordet i Puerto Rico på tio år.