1995 var FACTNet i nyheterna på grund av en rättsprocess som gällde beslag av FACTNets servrar och filer av Religious Technology Center (RTC), en underorganisation till Scientologikyrkan som skapats för att övervaka skyddet av dess varumärken och upphovsrätter. I augusti 1995 vände sig RTC:s advokater till en domare i Denver och hävdade att FACTNet, en högljudd kritiker av organisationens metoder, hade gjort intrång i upphovsrätten och gjort olaglig användning av scientologidokument. En razzia i två direktörers hem genomfördes den 21 augusti 1995 av två U.S. marshals och sex RTC-representanter, där själva sökandet efter komprometterande dokument genomfördes enbart av RTC. Vittnen till husrannsakningarna vittnade om att sherifferna tillät RTC-representanterna att gå långt utanför orderns räckvidd när de sökte efter information. Sheriffen underlät också att visitera företrädarna före eller efter sökningen, vilket gjorde det möjligt för dem att ta med sig disketter och andra dokument som innehöll kritisk information. FACTNet anklagade omedelbart Scientologikyrkan för att försöka tysta deras röst genom att stjäla och förvanska information som är viktig för deras fortsatta attacker och stämningar mot kyrkan. Razziorna väckte debatt både på Internet och inom universitetsvärlden, med universitetsdemonstranter i Denver, Colorado, som höll skyltar med följande text: ”Hands Off the Internet” och ”Scientology Harasses Critics” (Scientologi trakasserar kritiker), medan motdemonstranter vid domstolsbyggnaden i Boulder County bar skyltar som t.ex: ”
FACTNet lämnade in en stämningsansökan och den 14 september 1995 beslutade en federal domare att beslaget var olagligt eftersom det kränkte FACTNets rätt till yttrandefrihet på Internet, och beordrade RTC att återlämna alla datorer och filer som beslagtogs. I sitt beslut i Förenta staternas distriktsdomstol konstaterade domare John Kane följande: ”Allmänhetens intresse tjänas bäst genom fritt utbyte av idéer.” FACTNet hävdar dock att det har lidit irreparabel skada, eftersom sekretessen för dess dokument hade kränkts av RTC. En advokat för Electronic Frontier Foundation godkände domarens beslut i ärendet och förklarade följande: ”De har verkligen inte rätt att beslagta allt och fiska runt. Det verkar finnas denna tanke att saker som finns på en dator inte omfattas av samma skydd. Jag tror att lagen håller på att komma ikapp.” Helena K. Kobrin, en av scientologikyrkans advokater med firman Moxon & Kobrin, försvarade beslagen av datorerna och sade efter domarens beslut: ”Beslutet i går var en mycket tråkig dag för ägare av immateriella rättigheter och en mycket tråkig dag för Internet.”
I en rad fall stämde Scientology (genom dotterbolaget Bridge Publications) FACTNet för påstådda upphovsrättsbrott. År 1998 avslog den federala domaren John Kane Scientologys begäran om summarisk dom eftersom FACTNet ifrågasatte Scientologys äganderätt till upphovsrätten till dokumenten. En uppgörelse nåddes senare 1999, vars villkor var att om FACTNet någonsin befinns skyldigt till brott mot kyrkans upphovsrätt, så åläggs de permanent att betala kyrkan 1 miljon dollar.
FACTNet har hållit en relativt låg nyhetsprofil sedan 1999, och har ibland citerats för att ha uttalat sig om ämnen som de anser vara viktiga. Filmen Battlefield Earth från 2000 med John Travolta i huvudrollen väckte kontroverser eftersom den baserades på en bok av L. R. Hubbard, grundaren av Scientologikyrkan, och Travolta var en välkänd scientolog. The Guardian rapporterade om FACTnets påståenden om att filmen var ett proselytismverk för scientologin och noterade följande: ”FACTnet antydde att subliminala budskap hade lagts in på ett listigt sätt av scientologer för att få nya konvertiter att ansluta sig till kyrkan.” Filmskaparna hävdade att filmen inte hade något med scientologikyrkan att göra, men New York Times rapporterade om FACTnets påståenden att: ”…filmen finansierades i hemlighet av Scientology, och att Scientology planerar rekryteringsinsatser för att sammanfalla med filmens lansering.” Sociologiprofessorn James Richardson höll inte med om FACTnets påståenden och förklarade följande: ”Jag tvivlar allvarligt på att någon kommer att gå ut och gå med i Scientology bara för att de ser den här filmen.” År 2002, efter att Lawrence Wollersheim vunnit en dom på 8,7 miljoner dollar mot Scientologikyrkan, lade FACTnet ut ett uttalande från honom på sajten med följande citat: ”Sekten som lovade att den aldrig skulle betala mig en enda liten slant har nu betalat över 86 miljoner små slantar.” FACTNet uttalade sig till stöd för ett avsnitt av tv-programmet South Park och gav sin personal utmärkelsen ”Årets FACTNet-person(er) 2005” för det satiriska avsnittet om scientologi, ”Trapped in the Closet”. År 2006 rådfrågades FACTnet-chefen Wollersheim i samband med 48 Hours-reportaget om scientologen Elli Perkins död, ”Scientology – A Question of Faith”. Wollersheim citerades i reportaget och sade följande: ”Scientology. De är det värsta exemplet på tankekontroll i en religiös miljö som någonsin har funnits”. I programmet noterades också att Scientologikyrkan karaktäriserar honom som en ”lögnare och bedragare” och hävdar att de flesta av dess medlemmar lever lyckliga och uppfyllda liv.