San Diego PadresEdit
Lee valdes i den första rundan (14:e totalt) i 1993 års MLB-draft av San Diego Padres och debuterade i MLB den 28 april 1997.
Florida MarlinsEdit
Lee byttes, tillsammans med andra spelare, till Florida Marlins ett år senare för Kevin Brown och ingick i Marlins mästarlag i World Series 2003. Lee vann sin första guldhandske under 2003 års mästerskapssäsong och hans spektakulära grepp och oassisterade putout på en hårt slagen Hideki Matsui one-hop line drive snuvade ut en Yankees-rytm och avslutade match 5 i World Series med en Marlins-seger. Marlins fortsatte att vinna World Series i match 6.
Chicago CubsEdit
Lee byttes till Cubs för Hee-seop Choi. Han slog .278 med 32 homeruns och 98 RBIs under sitt första år i Cubs. År 2005 hade Lee en första halva av säsongen som en karriär, med ett MLB-ledande slagsnitt på 0,376, 72 RBIs och en delad ledning i major league i home runs med 27.
Cubbarna hade bytt superstjärnan Sammy Sosa, som tidigare hade varit en av deras bästa slagskyttar, före säsongen 2005. Lee visade tidigt att han kunde mer än kompensera för förlusten, och medan Sosa hade en nedslående säsong 2005 med Baltimore Orioles hade Lee ett karriärår. Vid mitten av säsongen var han bland MLB:s ledare i var och en av kategorierna för den trippla kronan: slaggenomsnitt, homeruns och RBIs. Lee slog sin 200:e homerun i karriären den 28 augusti 2005 mot Florida Marlins startspelare Josh Beckett. Han avslutade året med karriärens bästa 46 home runs. Hans slagsnitt på 335 var det högsta för en Cub sedan Bill Madlocks 339 år 1976 och gjorde honom till den förste Cub sedan Bill Buckner 1980 som vann en slagmanstitel i National League. Han slutade också trea i omröstningen om NL MVP och vann NL Gold Glove- och Silver Slugger-priserna på första basen det året.
Lee blev utsedd till USA:s laguppställning inför World Baseball Classic 2006, där han var den första spelaren att slå en homerun för Team USA i World Baseball Classic.
Den 10 april 2006 skrev Lee på en förlängning på fem år, 65 miljoner dollar, med Chicago Cubs. Avtalet ersatte hans kontrakt för säsongen 2006 och förlängde honom som Cubs förste basman till och med säsongen 2010 och innehöll en no-trade-klausul. Han bröt handleden mindre än två veckor senare, i en kollision med baserunneren Rafael Furcal, och han missade 59 matcher på grund av skadan. Cubs hade ett resultat på 19-40 under Lees tid på handikapplistan. Senare gick Lee tillbaka till handikapplistan med en posttraumatisk inflammation i det yttre benet på handledens mediala sida.
Under 2008 slog Lee 20 homeruns, 90 RBIs och hade en .291 i bollsnitt när Cubs hade det bästa resultatet under den ordinarie säsongen i National League och ledde Cubs till NL Central-mästerskapet, men förlorade senare i NLDS mot Los Angeles Dodgers med 3-0. År 2009 övervann Lee en långsam start med en 21 matcher lång slagserie från den 29 maj till den 24 juni och slutade på nionde plats i omröstningen om NL MVP, då han hade ett slagsnitt på .306 och slog 35 homeruns och 111 RBIs.
Den 9 juni 2010 slog Lee sin 300:e homerun i karriären i en match mot Milwaukee Brewers.
Den 25 juni 2010 var Lee inblandad i ett gräl i bänkrummet med Cubs kastare Carlos Zambrano efter att kastaren släppt in fyra poäng i den första inningen och tydligen gav Lee skulden för att han inte lyckades fånga en skarpt slagen ledningsdubbel. Zambrano stängdes av för sitt beteende.
Atlanta BravesRedigera
I slutet av juli 2010 använde Lee sina tio- och femrättigheter för att lägga in ett veto mot en handel till Los Angeles Angels. Den 18 augusti 2010 byttes Lee, med hans godkännande, till Atlanta Braves för minor league pitching prospects Robinson Lopez, Tyrelle Harris och Jeffrey Lorick. Lee började tjänstgöra som Braves startande förstemålvakt den 20 augusti 2010, inklusive eftersäsongsspelet i NLDS.
Baltimore OriolesRedigera
Lee undertecknades från free agency till ett ettårskontrakt med Baltimore Orioles inför säsongen 2011. Han spelade 85 matcher med de kämpande Orioles och slog .246 med 12 homeruns och 41 insläppta poäng.
Pittsburgh PiratesEdit
Den 30 juli 2011 byttes Lee till Pirates mot en förste basman i minor league Class A, Aaron Baker, och kontant ersättning. Lee slog två homeruns i sin första match som Pirate. Han träffades av ett kast och bröt ett ben i vänster handled den 3 augusti och missade större delen av nästa månad, men avslutade sedan säsongen på ett produktivt sätt som Pittsburghs förste basman. Lee spelade 28 matcher som Pirate 2011 och slog .337 med 7 homeruns och 18 RBIs.