1 Introduktion
Clonorchis sinensis, Opisthorchis felineus och Opisthorchis viverrini (phylum Platyhelminthes; klass Trematoda; familj Opisthorchiidae) är viktiga livsmedelsburna leverflundror som infekterar ~ 24 miljoner människor världen över och orsakar en global börda på mer än 349 737 funktionsjusterade levnadsår (Furst et al., 2012). Som en utbredd leverflundra infekterar C. sinensis minst 15 miljoner människor främst i Kina, Vietnam, Korea och ryska Fjärran Östern (Furst et al., 2012; Qian et al., 2016).
C. sinensis-infektion orsakar clonorchiasis, som är en försummad tropisk sjukdom (Qian et al., 2016). Infektion med C. sinensis leder ofta till kroniska hepatobiliära sjukdomar, såsom leverfibros, och kan inducera kolangiokarcinom (CCA), en malign cancer i gallsystemet. Därför har C. sinensis klassificerats som ett cancerframkallande ämne av klass I av International Agency for Research on Cancer (Choi et al., 2004, 2011; Grosse et al., 2009).
Till dags dato finns det inget vaccin för att förebygga klonorchiasis, och människor har ingen resistens mot återinfektion (Qian et al., 2016). Upprepad användning av det enda rekommenderade läkemedlet, praziquantel (PZQ), ökar risken för att fläckarna utvecklar läkemedelsresistens (WHO, 2013). För att bättre kontrollera klonorchiasis har man forskat om parasitens biologi och epidemiologi och fokuserat på diagnostik och behandling. Det är nu möjligt att få en djupgående förståelse för C. sinensis molekylärbiologi, vilket understöds av användningen av nya transkriptomiska och genomiska resurser som producerats med hjälp av sekvenseringsteknik med högt genomflöde (Huang et al., 2013; Wang et al., 2011; Yoo et al., 2011; Young et al., 2010). Genomet av C. sinensis från Kina utgör en grund för att utforska molekylära vägar och processer i denna leverflundra. Till exempel kodar genomet hos C. sinensis för ett fullständigt komplement av gener som krävs för att metabolisera värdens lipider, men innehåller inte gener som är kopplade till den kanoniska biosyntesen av fettsyror (Huang et al., 2013; Wang et al., 2011). Dessutom kodar detta genom för ett stort antal utsöndringssekretoriska proteiner (ESP), varav många antas vara involverade i interaktioner mellan värd och parasit. Det finns dock ingen detaljerad information om funktionerna hos biologiskt relevanta gener/genprodukter eller nivåer av genetisk variation mellan olika geografiska isolat av C. sinensis.
Det har antagits att ett enda nukleärt genom av C. sinensis är tillräckligt för att representera alla geografiskt skilda isolat av denna art (Huang et al., 2013; Wang et al., 2011). Bevis på karyotypisk variation inom C. sinensis och kryptiska arter inom den besläktade opisthorchiidflundran O. viverrini (jfr Petney et al., 2013) understryker dock vikten av att studera och jämföra genetiken hos geografiskt skilda isolat av C. sinensis. Tidigare studier av utvalda genetiska loci tyder på att variationen hos denna parasit har påverkats av flera faktorer, såsom livscykel, klimatförändringar och miljöanpassning (Chelomina et al., 2014; Tatonova et al., 2012, 2013). Det verkar till exempel som om låg nukleotid- och hög haplotypisk variation i den mitokondriella cox1-genen inom C. sinensis hänger samman med en snabb populationsexpansion efter istiden (Chelomina et al., 2014; Tatonova et al., 2012). En sådan slutsats kräver dock djupgående populationsgenetiska undersökningar.
Det är nu möjligt att genomföra sådana undersökningar på helgenomnivå med hjälp av sekvenseringsteknik med hög genomströmning och avancerad bioinformatik. Sådan forskning skulle göra det möjligt att utforska de genetiska strukturerna och substrukturerna hos C. sinensis-populationer och variationen i gener/genprodukter som är involverade i infektions- och/eller anpassningsprocesser. Syftet med detta kapitel är att ge en bakgrund till biologi, epidemiologi, patogenes, diagnos och kontroll av C. sinensis/klonorchiasis, att kritiskt granska den nuvarande kunskapen om genetik, molekylärbiologi och genomik hos C. sinensis och att belysa nya sekvenseringstekniker samt genomiska verktyg och resurser som nu kan användas för framtida genetiska studier av denna viktiga parasit.