Předkoloniální historie Pohnpei se dělí do tří etap:
V Pohnpei se nacházejí zajímavé ruiny mikronéské civilizace, zejména ruiny Nan Madolu.
Španělská kolonizaceEdit
Karolinské ostrovy, v jejichž rámci se v současnosti nachází ostrov Pohnpei, objevil 22. srpna 1526 španělský objevitel Toribio Alonso de Salazar. Dne 1. ledna 1528 převzal objevitel Alonso de Saavedra jménem španělského krále vlastnictví ostrovů Uluti. Souostroví navštívil v roce 1542, ostrovy Matelotes v letech 1543 a 1545 a Legazpi v roce 1565.
Prvním evropským návštěvníkem Ponapé byl Pedro Fernández de Quirós, velitel španělské lodi San Geronimo. Ostrov spatřil 23. prosince 1595; jeho popis je stručný a nikdy na něm nepřistál. Druhou známou evropskou návštěvu uskutečnil až mnohem později Australan John Henry Rowe; jeho loď John Bull připlula k ostrovu 10. září 1825 a byla napadena domorodci. Pohnpei se spolu se Senyavinskými ostrovy definitivně dostaly do evropských navigačních map poté, co je v roce 1828 spatřil ruský mořeplavec Fjodor Litke, tedy více než dvě století po ostatních Karolinských ostrovech. Na tomto ostrově se nacházelo hlavní sídlo vlády Karolinských ostrovů. Španělé ostrov nazvali Ponapé a založili zde město Santiago de la Ascensión, které se stalo jejich prvním hlavním městem. Protože se jednalo o sídlo španělské kolonie (složené z úředníků, vojáků, misionářů a filipínských dělníků), začalo se mu říkat jednoduše Colonia nebo Kolonia, v sousedství současného hlavního města Palikir.
V roce 1885 byla na příkaz španělské vlády na Filipínách, tehdy španělské kolonii, zorganizována nová výprava, která měla pokračovat v definitivním obsazení souostroví Karolíny pod španělskou svrchovaností. Za sídlo vlády byl vybrán ostrov Ponapé ve východní části souostroví, rozkládající se na ploše 2 000 000 km2 oceánu, a to za pomoci trojité podpory Manila-Guaján-Ponapé, která zároveň umožňovala účinně hlídat tuto rozsáhlou oblast jurisdikčních vod.
Vedoucím výpravy byl jmenován komandér Posadillo, který na ostrov dorazil koncem roku 1885. Na ostrově byla instalována nedostatková posádka a administrativní vybavení. Podnik nebyl ekonomicky rentabilní kvůli „malé rozmanitosti exportních produktů, vzdálenosti od trhů, skutečnosti, že mohl obsadit jen malý počet kilometrů čtverečních, a nákladům na udržování rostoucího počtu oddílů“; bylo to spíše kvůli požadavkům na prestiž. Z tohoto důvodu, když v roce 1887 došlo k povstání domorodého obyvatelstva, které vyvraždilo celou španělskou kolonii, byl okamžitě vydán rozkaz k odjezdu nové výpravy.
Vojskám, které tvořily další španělskou výpravu, velel velitel Diaz Varela. Další velitel námořnictva, don Luis Cadarso y Rey, se k výpravě připojil jako guvernér souostroví. Zemřel o jedenáct let později v Cavite, když se nalodil na americkou bitevní loď Olímpia, vlajkovou loď americké flotily. Ponapé bylo dosaženo po dvanácti dnech strastiplné cesty a to, co domorodci zničili, bylo znovu postaveno a uzavřeno v pevnosti. Když viděli na ostrově důležitou vojenskou přítomnost, přijali španělskou autoritu, které radil Evropan jménem Deoane, který mezi nimi žil a který byl možná strůjcem předchozího povstání.
Když španělská nadvláda na ostrově trvala, probíhala na tomto území s komplikovanou morfologií, která ztěžovala operace, mírová období a potyčky. K povstáním se často přidávali domorodci z přilehlých ostrovů, nad nimiž nebylo možné vykonávat účinnou kontrolu. V průběhu těchto let byly španělské ztráty v důsledku těchto střetů úměrně početné: při jednom z nich bylo například třicet mrtvých a padesát zraněných. Často bylo nutné uplatnit autoritu absolutní silou. Z koloniálního období pocházejí pozůstatky pevnosti Alfonso XIII, známé jako „Španělská zeď“.
Německá a japonská kontrolaEdit
Po španělsko-americké válce v roce 1898 koupilo ostrov od Španělska Německo; pod německou svrchovaností byla kolonie oficiálně pojmenována Kolonia. Během první světové války Ponapé obsadilo Japonsko, po níž Společnost národů prohlásila, že Kolonie spolu s Marshallovými ostrovy a Mariánskými ostrovy (kromě Guamu, území USA) přechází pod japonskou správu jako válečný dluh za porážku Německa. Japonská svrchovanost trvala od roku 1914 do roku 1945.
Území Spojených státůEdit
Pohnpei, když bylo okresem Svěřeneckého území tichomořských ostrovů, zpočátku obsahovalo Kosrae, které bylo obcí okresu. Během druhé světové války byl ostrov při amerických obojživelných taženích v letech 1943-1945 obcházen. Několikrát byla bombardována vojenská zařízení, včetně bombardování bitevních lodí USS Massachusetts (BB-59) a USS Iowa (BB-61) a také náletu na Cowpens (CVL-25). Na konci války se Karolíny staly součástí svěřeneckého území Tichomořských ostrovů.
Federativní státy Mikronésie získaly plnou nezávislost v roce 1990. Od té doby jsou Pohnpei chráněným tropickým přístavem pod nepřímou kontrolou USA.