Ostrov obývali Tainové (mluvící arawakanským jazykem), když jej v roce 1493 poprvé spatřil Kryštof Kolumbus. První guvernér jmenovaný Španěly pojmenoval ostrov „Puerto Rico“, což znamená „bohatý přístav“. Portoriko zůstalo španělskou kolonií více než 400 let, až do španělsko-americké války, která skončila 10. prosince 1898, kdy Španělsko a Spojené státy podepsaly Pařížskou smlouvu. Smlouva, ratifikovaná americkým Senátem o rok později, zavazovala Španělsko k postoupení svrchovanosti nad Portorikem Spojeným státům jako podmínce míru.
Kongres má podle federální ústavy široké pravomoci při správě amerických území. Ústava Spojených států amerických (U.S.C.A. Const. Čl. IV, s. 3, cl. 2. Kongres tyto pravomoci v Portoriku uplatnil nejprve zřízením prozatímní VOJENSKÉ VLÁDY, která trvala až do dubna 1900, kdy přijal Forakerův zákon, 31 Stat. 77. V tomto zákoně se uvádí, že v případě Portorika se jedná o dočasnou VOJENSKOU VLÁDU. Forakerův zákon prohlásil, že obyvatelé Portorika mají „nárok na ochranu Spojených států“, a zřídil na ostrově první civilní vládu.
Zákon zmocnil prezidenta Spojených států, aby s radou a souhlasem Senátu jmenoval guvernéra Portorika, jeho nejvyšší výkonné úředníky a soudce portorického Nejvyššího soudu. Zákon rovněž vytvořil portorický zákonodárný sbor a zmocnil jeho lidově zvolené zástupce k výkonu místní zákonodárné pravomoci, ve všech případech s výhradou kongresového VETO. Podle zákona získalo Portoriko právo vybrat si „rezidentního komisaře“, který by ostrov zastupoval ve Sněmovně reprezentantů USA. Rezidentní komisař, jehož funkce existuje i v jednadvacátém století, má právo vystupovat a předkládat zákony před Sněmovnou reprezentantů, ale nemá právo hlasovat, s výjimkou hlasování ve výborech.
Forakerův zákon zřídil okresní soud USA pro okres Portoriko a dal prezidentovi pravomoc jmenovat předsedu soudu, opět s radou a souhlasem Senátu. V roce 1915 Kongres přiřadil okres Portoriko k Odvolacímu soudu USA pro první obvod a stanovil, že odvolání z federálního okresního soudu Portorika se podávají k prvnímu obvodu. Od roku 2003 soudci z First Circuit stále dvakrát ročně cestují do Portorika, aby vyslechli argumenty k odvoláním.
V roce 1917 Kongres přijal JONES ACT, který udělil americké občanství všem obyvatelům Portorika. 39 Stat. 951, 48 U.S.C.A., oddíl 731. Jonesův zákon, známý také jako „organický zákon“, se snažil odlišit Portoriko od Filipín a Havaje. Filipíny se již připravovaly na nezávislost, zatímco Havaj se připravovala na státnost. Prostřednictvím Jonesova zákona zvolil Kongres pro Portoriko třetí, hůře definovaný status „nezačleněného území“ Spojených států, což znamená, že výhody a ochrana, které nabízí americká ústava, se na Portoriko plně nevztahují. Žádné současné území USA, včetně Portorika, nebylo od poloviny roku 2003 považováno za inkorporované
.