V posledních sto letech bylo objevování nových virů postupným procesem. Viry byly popisovány jeden po druhém pomocí souboru technik, jako je elektronová mikroskopie a virové kultury. Badatelé se obvykle zajímali o chorobný stav v rámci organismu a výpravy v oblasti virové ekologie byly vzácné. Nástup metagenomiky využívající vysoce výkonné sekvenování způsobil revoluci nejen v rychlosti objevování virů, ale také v povaze objevů. Například mnohem více nemocí lze nyní připsat virovým původcům, nepatogenní viroví komenzálové jsou všudypřítomní a popis environmentálních viromů dělá pokroky.
Toto zrychlené tempo objevování virů s sebou nese jak fantastické možnosti, tak i značná rizika. V současné době genomická éra definuje virový vesmír charakterizací genotypů, ale tyto genotypy jsou zřídkakdy spojeny s fenotypem a/nebo fyzickou entitou. Navíc nejmodernější taxonomická klasifikace virů rozeznává pouze několik tisíc virových druhů, z nichž velká část infikuje člověka. To ostře kontrastuje s rozmanitostí buněčných organismů, na nichž je replikace všech virů závislá.
V tomto tématu výzkumu Frontiers in Virology o objevování virů pomocí metagenomiky se budeme zabývat tím, jak byly metagenomické a bioinformatické přístupy použity k objevování, klasifikaci a charakterizaci nových virů. Je třeba čelit obtížným otázkám a zavést kontrolní mechanismy. Stejně jako v případě kalifornské zlaté horečky lze i v oblasti virové metagenomiky učinit velké objevy pouze rozpoznáním a řešením nejvýznamnějších úskalí.
Jaké experimentální přístupy a analytické pipelines existují pro virovou metagenomiku? Kdy se můžeme přesvědčit, že jsme identifikovali nový virový genom? Jsou současná pravidla toho, co je považováno za virový genom, zastaralá? Jak vážně ohrožuje spolehlivé sestavení virového genomu rekombinace? Jak můžeme anotovat nebo pochopit funkce nových virových genů? Jak určíme roli nově objeveného viru v procesech vyššího řádu? Jak lze metagenomický přístup uplatnit v klinickém prostředí? Co nám složení virové komunity asociované s hostitelem říká o zdravotním stavu tohoto hostitele? Jak stabilní je složení virového společenství v čase a prostoru? A samozřejmě: jaké perly z virového vesmíru jsme již pomocí metagenomiky objevili?
Pro toto výzkumné téma žádáme o původní výzkumné práce jak od experimentálních, tak od bioinformatických skupin. Kromě toho vyhradíme také určitý prostor pro recenze a pohledy, které se zabývají výše uvedenými otázkami nebo jinými žhavými tématy z oblasti objevování virů pomocí metagenomiky.
Důležité upozornění: Všechny příspěvky do tohoto výzkumného tématu musí spadat do působnosti sekce a časopisu, do nichž jsou zasílány, jak je definováno v jejich poslání. Frontiers si vyhrazuje právo nasměrovat rukopis vymykající se rozsahu do vhodnější sekce nebo časopisu v kterékoli fázi recenzního řízení.