Verhandeling aan Johannes XXII
Ockham ontmoette John Lutterell opnieuw in Avignon; in een verhandeling gericht aan paus Johannes XXII stelde de voormalige kanselier van Oxford Ockhams leer over de Sententiae aan de kaak, met 56 stellingen waarvan hij aantoonde dat ze ernstig fout waren. Lutterell werd vervolgens lid van een commissie van zes theologen die twee opeenvolgende rapporten uitbracht op basis van uittreksels uit Ockhams commentaar, waarvan het tweede strenger kritisch was. Ockham legde de paus echter een ander exemplaar van de Ordinatio voor, waarin hij enkele correcties had aangebracht. Het zag er naar uit dat hij veroordeeld zou worden voor zijn leer, maar de veroordeling kwam er nooit.
In het klooster waar hij in Avignon verbleef, ontmoette Ockham Bonagratia van Bergamo, een doctor in het burgerlijk en canoniek recht die vervolgd werd wegens zijn oppositie tegen Johannes XXII over het probleem van de Franciscaanse armoede. Op 1 december 1327 kwam de Franciscaanse generaal Michael van Cesena aan in Avignon en verbleef in hetzelfde klooster; ook hij was door de paus ontboden in verband met het geschil over het bezit van onroerend goed. Zij twistten over het theoretische probleem of Christus en zijn apostelen eigenaar waren van de goederen die zij gebruikten, dat wil zeggen of zij afstand hadden gedaan van alle eigendom (zowel particulier als corporatief), van het eigendomsrecht en van het recht op het gebruik van eigendom. Michael hield vol dat omdat Christus en zijn Apostelen afstand hadden gedaan van alle eigendom en alle rechten op eigendom, de Franciscanen gerechtvaardigd waren om te proberen hetzelfde te doen.
De verhoudingen tussen Johannes en Michael werden steeds slechter, zozeer zelfs dat, op 26 mei 1328, Michael uit Avignon vluchtte, vergezeld van Bonagratia en Willem. Ockham, die reeds getuige was in een door Michaël op 13 april in het geheim opgesteld smeekschrift, onderschreef dit in september openlijk te Pisa, waar de drie franciscanen verbleven onder bescherming van keizer Lodewijk IV de Beier, die in 1324 was geëxcommuniceerd en door Johannes XXII was uitgeroepen tot vervallen van alle rechten op het keizerrijk. Zij volgden hem naar München in 1330, en daarna schreef Ockham vurig tegen het pausdom ter verdediging van zowel de strenge franciscaanse notie van armoede als het keizerrijk.
In opdracht van zijn generale overste in 1328 om drie pauselijke bullen over armoede te bestuderen, ontdekte Ockham dat zij vele dwalingen bevatten die Johannes XXII als een ketter aantoonden die zijn mandaat had verspeeld op grond van zijn ketterij. Zijn status van pseudo-paus werd in de ogen van Ockham in 1330-31 bevestigd door zijn preken waarin hij voorstelde dat de zielen van de geredden niet onmiddellijk na de dood het visioen van God genoten, maar pas nadat zij bij het Laatste Oordeel met het lichaam waren herenigd, een mening die in strijd was met de traditie en uiteindelijk werd verworpen.
Nog steeds bleef zijn voornaamste geschil de kwestie van de armoede, die volgens hem zo belangrijk was voor de godsdienstige volmaaktheid, dat zij de discipline van een theorie vereiste: wie verkiest te leven onder de evangelische regel van Sint Franciscus treedt in de voetstappen van Christus, die God is en dus koning van het heelal, maar die verschenen is als een arm man, die afstand doet van het eigendomsrecht, zich onderwerpt aan de wereldlijke macht en op deze aarde alleen wil heersen door het geloof dat hem is toevertrouwd. Deze heerschappij komt tot uiting in de vorm van een kerk die georganiseerd is, maar geen onfeilbaar gezag heeft – noch van de kant van een paus, noch van een concilie – en die in wezen een gemeenschap van gelovigen is, die door de eeuwen heen stand heeft gehouden en zeker nog lang zal standhouden, ook al is zij tijdelijk tot weinigen, of zelfs tot één gereduceerd; iedereen, ongeacht status of geslacht, moet in de kerk het geloof verdedigen dat gemeenschappelijk is aan allen.
Voor Ockham wordt de macht van de paus beperkt door de vrijheid van de christenen die door het evangelie en de natuurwet is vastgesteld. Het is dus legitiem en in overeenstemming met het evangelie om partij te kiezen voor het rijk tegen het pausdom of om, zoals Ockham in 1339 deed, het recht van de koning van Engeland te verdedigen om belasting te heffen op kerkelijke bezittingen. Van 1330 tot 1338, in de hitte van dit geschil, schreef Ockham 15 of 16 min of meer politieke werken; sommige daarvan werden in samenwerking geschreven, maar Opus nonaginta dierum (“Werk van 90 dagen”), het omvangrijkste, werd alleen geschreven.