Ammonificatie is het proces waarbij de organisch gebonden stikstof van microbiële, plantaardige en dierlijke biomassa wordt gerecycleerd na hun dood. Ammonificatie wordt uitgevoerd door een grote verscheidenheid aan micro-organismen die ecologische rottingsdiensten verrichten, en het product is ammoniak of ammoniumion. Ammonium is een geschikte voedingsbron voor vele plantensoorten, vooral die welke in zure bodems leven. De meeste planten kunnen ammonium echter niet doeltreffend gebruiken en hebben nitraat nodig als hun essentiële bron van stikstofvoeding.
Nitraat wordt gesynthetiseerd uit ammonium door een belangrijk bacterieel proces dat nitrificatie wordt genoemd. De eerste stap in nitrificatie is de oxidatie van ammonium tot nitriet (NO-2 ), een functie die wordt uitgevoerd door bacteriën van het genus Nitrosomonas. Eenmaal gevormd, wordt het nitriet snel verder geoxideerd tot nitraat, door bacteriën van het genus Nitrobacter. De bacteriën die verantwoordelijk zijn voor de nitrificatie zijn zeer gevoelig voor de zuurgraad, zodat dit proces niet in significante mate plaatsvindt in zure grond of zuur water. Dit is de reden waarom planten in zure habitats in staat moeten zijn ammonium te gebruiken als hun bron van stikstofvoeding.