De godsdienstige overtuiging in Nigeria is sterk verbonden met de etniciteit, met vrij duidelijke regionale scheidslijnen tussen de etnische groepen. De noordelijke staten, gedomineerd door de Hausa- en Fulani-groepen, zijn overwegend islamitisch, terwijl de zuidelijke etnische groepen een groot aantal christenen tellen. In het zuidwesten is er geen overheersende godsdienst. De Yoruba-stam, de grootste etnische groep in het zuidwesten, praktiseert het christendom, de moslim en/of de traditionele Yoruba-religie, die gebaseerd is op het geloof in één oppergod en verschillende mindere goden.
De algemene statistieken geven aan dat ongeveer 50% van de bevolking moslim is, met een meerderheid die de soennitische tak van het geloof belijdt. Ongeveer 40% is christen en ongeveer 10% belijdt een traditionele Afrikaanse godsdienst of heeft helemaal geen godsdienst. Veel mensen
nemen elementen van traditionele geloofsovertuigingen op in hun eigen praktijk van het christendom of de islam. De christelijke gemeenschap bestaat uit rooms-katholieken (de grootste denominatie), methodisten, anglicanen, baptisten, presbyterianen, en leden van evangelische en pinkstergroepen.
Hoewel de grondwet staats- en lokale overheden verbiedt een officiële godsdienst aan te wijzen, heeft een aantal staten onlangs verschillende vormen van het islamitische strafrecht en burgerlijk recht, bekend als Shari’ah, aangenomen, een stap die veel christenen beschouwen als een aanname van de islam als de facto godsdienst. De grondwet voorziet ook in vrijheid van godsdienst, maar sommige staten hebben religieuze demonstraties, processies of bijeenkomsten beperkt omwille van de openbare veiligheid. Het is bekend dat ondernemers en overheidsambtenaren personen met een ander geloof dan het hunne discrimineren bij het verlenen van diensten en bij het aannemen van personeel. Hetzelfde soort discriminatie bestaat tussen leden van verschillende etnische groepen. Bepaalde christelijke en islamitische feestdagen worden officieel in acht genomen.
Er is een hoge mate van spanning tussen christenen en moslims met een staat van geweld tegen beide groepen. De conflicten kunnen echter in de eerste plaats voortkomen uit etnische en regionale verschillen, aangezien er een aantal meldingen zijn van geweld tussen verschillende etnische groepen van dezelfde godsdienst.