De afgelopen jaren zijn er talloze LGBT-moorden gepleegd, waarvoor politici en religieuze groeperingen verantwoordelijk werden gesteld.
Het verminkte lichaam van de 19-jarige student Jorge Steven López Mercado werd op 14 november 2009 ontdekt in Cayey, een stad in het binnenland van het eiland. López was wijd en zijd bekend als vrijwilliger voor organisaties die opkwamen voor homorechten en HIV-preventie, en activisten planden herdenkingswaken voor hem in steden als San Juan, Chicago, en New York. Volgens de lokale politie wordt de moord onderzocht als een mogelijk haatmisdrijf, onder de onlangs goedgekeurde Amerikaanse federale wet op haatmisdrijven die misdrijven omvat tegen mensen die homoseksueel of transgender zijn (of als zodanig worden beschouwd). Juan A. Martinez Matos werd enkele dagen na de ontdekking van het lichaam van López Mercado gearresteerd. Op 12 mei 2010 pleitte Martinez Matos schuldig en werd hij veroordeeld tot 99 jaar gevangenisstraf voor de moord op López Mercado.
Op 19 april 2010 werd het lichaam van Ashley Santiago, een transgender vrouw die in de stad Corozal woonde, ontdekt in de keuken van haar huis. Santiago, een styliste bij een plaatselijke salon, werd naakt op de vloer gevonden en 14 keer gestoken door een onbekende aanvaller.
Op 13 september 2010 werden de lichamen van Justo Luis “Michelle” Gonzalez en Miguel Orlando “La Flaca” Soto, twee transseksuelen, vermoord aangetroffen langs een weg in het stadje Juana Diaz. Met deze twee sterfgevallen hebben LGBT-activisten op het eiland verklaard dat er in de afgelopen tien maanden negen homo’s en transseksuelen zijn vermoord op het eiland, en dat de lokale autoriteiten niet adequaat hebben gereageerd op deze misdaden. In oktober 2012 werd Malena Suarez, een transseksuele vrouw die in Carolina woonde, dood aangetroffen in haar huis als gevolg van meerdere steekpartijen. Haar dood was de 30e anti-LGBT-moord in Puerto Rico in tien jaar tijd.