Marion Sinclair overleed in 1988, zodat het liedje nog steeds onder het auteursrecht valt, volgens de Australische auteurswet. De uitgeversrechten berusten bij Larrikin Music. In de Verenigde Staten worden de rechten beheerd door Music Sales Corporation in New York City.
In juni 2009 klaagde Larrikin Music de band Men at Work aan wegens inbreuk op het auteursrecht, omdat een deel van de fluitriff van de single “Down Under” uit 1981 van de band zou zijn gekopieerd van “Kookaburra”. Deze actie volgde op een aflevering van Spicks and Specks waarin dit gebruik de basis was van een panelvraag. De raadslieden van het platenlabel en de uitgeverij van de band (Sony BMG Music Entertainment en EMI Songs Australia) beweerden dat, op basis van de overeenkomst op grond waarvan het lied was geschreven, het auteursrecht in feite berustte bij de Girl Guides Association. Op 30 juli 2009 heeft rechter Peter Jacobson van het Federale Gerechtshof van Australië voorlopig geoordeeld dat Larrikin het auteursrecht op het liedje bezat, maar dat later zou worden uitgemaakt of de liedjesschrijvers Colin Hay en Ron Strykert al dan niet plagiaat op de riff hadden gepleegd. Op 4 februari 2010 oordeelde rechter Jacobson dat Men at Work inbreuk had gemaakt op het auteursrecht van Larrikin, en dat beide aan de rechtbank voorgelegde opnamen “… een substantieel deel van Kookaburra reproduceren”. Larrikin diende vervolgens een verzoekschrift in bij de rechtbank om tussen de 40 en 60 procent van de royalty’s van het nummer te ontvangen met terugwerkende kracht tot 1981, maar op 6 juli 2010 kende rechter Jacobson het bedrijf 5 procent van de royalty’s toe met terugwerkende kracht tot 2002 – naar wordt aangenomen een bedrag van zes cijfers.
Op 31 maart 2011 werd een beroep van platenmaatschappij EMI verworpen door de rechters Arthur Emmett, Jayne Jagot en John Nicholas, die concludeerden dat er een inbreuk was geweest op het auteursrecht op de melodie “Kookaburra Sits in the Old Gum Tree”. Een van de songwriters van de band, Colin Hay, zei na afloop dat het resultaat teleurstellend was en dat ze hun standpunt zouden overwegen na het vonnis nader te hebben bestudeerd. In oktober 2011 verloor de band zijn laatste rechtszaak toen het Hooggerechtshof van Australië weigerde een beroep aan te horen.