In 1995 kwam FACTNet in het nieuws vanwege een rechtszaak over de inbeslagname van FACTNet servers en bestanden door het Religious Technology Center (RTC), een suborganisatie van de Scientology Kerk die in het leven was geroepen om toezicht te houden op de bescherming van haar handelsmerken en copyrights. In augustus 1995 stapten advocaten van RTC naar de rechter in Denver om te klagen over schending van het auteursrecht en illegaal gebruik van Scientology documenten door FACTNet, een organisatie die felle kritiek had op de praktijken van de organisatie. Op 21 augustus 1995 werd een inval gedaan in de huizen van twee directeuren, door twee U.S. marshals en zes RTC vertegenwoordigers, waarbij de eigenlijke zoektocht naar belastende documenten alleen door de RTC werd uitgevoerd. Getuigen van de huiszoekingen getuigden dat de marshals de RTC-vertegenwoordigers toestonden veel verder te gaan dan het bevel voorschreef bij hun zoektocht naar informatie. Ook verzuimden de marshals de vertegenwoordigers voor of na de huiszoeking te fouilleren, waardoor zij schijven en andere documenten met kritische informatie konden meenemen. FACTNet beschuldigde de Scientology Kerk onmiddellijk van pogingen om hun stem het zwijgen op te leggen door het stelen en vervuilen van informatie die van vitaal belang is voor hun voortdurende aanvallen en rechtszaken tegen de Kerk. De invallen leidden tot discussie op zowel het internet als op de universiteit, waarbij demonstranten op de universiteit in Denver, Colorado, borden vasthielden met de tekst: “Handen af van het Internet” en “Scientology valt critici lastig”, terwijl tegendemonstranten bij het Boulder County gerechtsgebouw borden droegen als: “Alleen criminelen verspreiden wetteloosheid op het Internet.”
FACTNet spande een rechtszaak aan, en op 14 september 1995 oordeelde een Federale rechter dat de inbeslagname illegaal was omdat het recht van FACTNet op vrije meningsuiting op het Internet geschonden werd, en beval de RTC alle in beslag genomen computers en bestanden terug te geven. In zijn vonnis in de United States District Court, verklaarde rechter John Kane: “Het algemeen belang wordt het best gediend door de vrije uitwisseling van ideeën.” Desondanks stelt FACTNet dat het onherstelbare schade heeft opgelopen, omdat de geheimhouding van haar documenten door de RTC was geschonden. Een advocaat van de Electronic Frontier Foundation keurde de beslissing van de rechter in deze zaak goed, door te verklaren: “Ze hebben zeker niet het recht om alles in beslag te nemen en rond te vissen. Er lijkt een gedachte te bestaan dat dingen die op een computer staan niet onder dezelfde bescherming vallen. Ik denk dat de wet met een inhaalslag bezig is.” Helena K. Kobrin, een advocaat van de Scientology Kerk bij het kantoor Moxon & Kobrin, verdedigde de inbeslagname van de computers en zei na de uitspraak van de rechter: “De beslissing van gisteren was een zeer trieste dag voor eigenaren van intellectueel eigendom en een zeer trieste dag voor het Internet.”
In een reeks van zaken, klaagde Scientology (via dochteronderneming Bridge Publications) FACTNet aan voor vermeende schending van het auteursrecht. In 1998 wees federale rechter John Kane het verzoek van Scientology om een kort geding af, omdat FACTNet het eigendom van de auteursrechten op de documenten door Scientology betwistte. In 1999 werd een schikking getroffen, die inhield dat als FACTNet ooit schuldig bevonden zou worden aan het schenden van de auteursrechten van de kerk, ze permanent veroordeeld zouden worden tot het betalen van $1 miljoen aan de kerk.
FACTNet heeft sinds 1999 relatief weinig nieuws gebracht, af en toe aangehaald omdat ze zich uitspraken tegen onderwerpen die ze belangrijk vinden. De film Battlefield Earth uit 2000 met John Travolta in de hoofdrol deed veel stof opwaaien omdat de film gebaseerd was op een boek van L.R. Hubbard, de oprichter van de Scientology Kerk, en Travolta een bekende Scientoloog was. The Guardian berichtte over de beweringen van FACTnet dat de film een proselitisme stuk was voor Scientology, en merkte op: “FACTnet suggereerde dat subliminale boodschappen door Scientologen op slinkse wijze waren ingevoegd om nieuwe bekeerlingen over te halen zich bij de kerk aan te sluiten.” De makers van de film beweerden dat het niets te maken had met de Scientology Kerk, maar The New York Times berichtte over FACTnet’s beweringen dat: “…de film in het geheim gefinancierd is door Scientology, en dat Scientology wervingscampagnes plant die samenvallen met de release van de film.” Hoogleraar sociologie James Richardson was het niet eens met de beweringen van FACTnet en verklaarde: “Ik betwijfel ten zeerste of iemand zich bij Scientology zal aansluiten alleen omdat hij deze film heeft gezien.” In 2002, nadat Lawrence Wollersheim een vonnis van 8,7 miljoen dollar had gewonnen tegen de Scientology Kerk, plaatste FACTnet een verklaring van hem op de site, waarin hij citeerde: “De sekte die zwoer dat ze me nooit een dubbeltje zou betalen, heeft nu meer dan 86 miljoen dubbeltjes betaald.” FACTNet sprak zich uit ter ondersteuning van een aflevering van de TV show South Park, waarbij hun personeel de “FACTNet Persoon(s) van het Jaar voor 2005” werd toegekend voor de satirische aflevering over Scientology, “Trapped in the Closet”. In 2006 werd FACTnet directeur Wollersheim geraadpleegd voor het 48 Hours verhaal over de dood van Scientologe Elli Perkins, “Scientology – A Question of Faith”. Wollersheim werd geciteerd in het stuk, waarin hij zei: “Scientology. Ze zijn het ergste voorbeeld van mind control in een religieuze omgeving dat ooit heeft bestaan”. Het programma merkte ook op dat de Scientology Kerk hem karakteriseert als een “leugenaar en een oplichter”, en beweert dat de meeste van haar leden een gelukkig en voldaan leven leiden.