Andros was eerder gouverneur van New York geweest; hij kwam op 20 december 1686 in Boston aan en nam onmiddellijk de macht over. Hij nam een hard standpunt in en beweerde dat de kolonisten al hun rechten als Engelsman hadden achtergelaten toen ze Engeland verlieten. Dominee John Wise riep in 1687 zijn parochianen bijeen om te protesteren en zich te verzetten tegen belastingen; Andros liet hem arresteren, veroordelen en beboeten. Een ambtenaar van Andros verklaarde: “Meneer Wise, u hebt niet meer voorrechten dan dat u niet voor slaven verkocht mag worden.”
Zijn commissie riep op tot bestuur door hemzelf, opnieuw met een raad. De aanvankelijke samenstelling van de raad omvatte vertegenwoordigers van elk van de koloniën die door de heerschappij werden opgenomen, maar de quorums van de raad werden gedomineerd door vertegenwoordigers uit Massachusetts en Plymouth vanwege het ongemak van het reizen en het feit dat de reiskosten niet werden vergoed.
Church of EnglandEdit
Kort na zijn aankomst vroeg Andros aan elk van de puriteinse kerken in Boston of hun ontmoetingshuis mocht worden gebruikt voor diensten van de Church of England, maar hij werd consequent afgewezen. Vervolgens eiste hij in 1687 de sleutels op van Samuel Willard’s Third Church, en daar werden diensten gehouden onder auspiciën van Robert Ratcliff tot 1688, toen King’s Chapel werd gebouwd.
BelastingwettenEdit
Na Andros’ komst begon de raad aan een lang proces van harmonisatie van wetten in het hele koninkrijk om deze meer in overeenstemming te brengen met de Engelse wetten. Dit werk nam zoveel tijd in beslag dat Andros in maart 1687 een proclamatie uitvaardigde waarin hij verklaarde dat reeds bestaande wetten van kracht zouden blijven totdat zij waren herzien. Massachusetts had geen bestaande belastingwetten, dus werd door een comité van landeigenaren een belastingregeling uitgewerkt die voor het hele koninkrijk zou gelden. Het eerste voorstel haalde zijn inkomsten uit invoerrechten, voornamelijk op alcohol. Na veel discussie werd abrupt een ander voorstel ingediend en aangenomen, waarbij in wezen eerdere belastingwetten van Massachusetts opnieuw werden ingevoerd. Deze wetten waren niet populair bij boeren, die vonden dat de belastingen op vee te hoog waren. Om onmiddellijke inkomsten te genereren, kreeg Andros ook toestemming om de invoerrechten op alcohol te verhogen.
De eerste pogingen om de belastingwetten te handhaven, stuitten op hevig verzet van een aantal gemeenschappen in Massachusetts. Verscheidene steden weigerden commissarissen te kiezen om de stadsbevolking en de landgoederen te taxeren, en ambtenaren van een aantal van hen werden daarom gearresteerd en naar Boston gebracht. Sommigen kregen een boete en werden vrijgelaten, terwijl anderen gevangen werden gezet totdat zij beloofden hun plichten te vervullen. De leiders van Ipswich waren het meest uitgesproken geweest in hun verzet tegen de wet; zij werden berecht en veroordeeld voor overtredingen.
De andere provincies verzetten zich niet tegen het opleggen van de nieuwe wet, ook al waren de tarieven hoger dan ze onder het vorige koloniale bestuur waren geweest, althans in Rhode Island. De relatief arme landeigenaren van Plymouth werden hard getroffen door de hoge tarieven op vee.
Wetten op de stadsvergaderingenEdit
Een gevolg van het belastingprotest was dat Andros probeerde de stadsvergaderingen aan banden te leggen, want daar was dat protest begonnen. Hij voerde daarom een wet in die vergaderingen beperkte tot een enkele jaarlijkse vergadering, uitsluitend voor het kiezen van ambtenaren, en die vergaderingen op andere tijdstippen om welke reden dan ook expliciet verbood. Dit verlies van lokale macht werd alom gehaat. Er werd veel geprotesteerd dat de wetten op de stadsvergaderingen en de belastingen een schending waren van de Magna Carta, die belastingheffing door vertegenwoordigers van het volk garandeerde.
Landtitels en belastingenEdit
Andros deelde een grote klap uit aan de kolonisten door hun eigendomsrecht op het land aan te vechten; in tegenstelling tot Engeland was de overgrote meerderheid van de Amerikanen landeigenaar. Taylor zegt dat, omdat zij “veilig onroerend goed beschouwden als fundamenteel voor hun vrijheid, status en welvaart, de kolonisten ontzet waren door de ingrijpende en dure betwisting van hun landeigendomsrechten.” Andros had de opdracht gekregen om de koloniale eigendomstitels meer in overeenstemming te brengen met die in Engeland, en om quit-rents in te voeren als middel om de koloniale inkomsten te verhogen. De titels die onder het koloniale bestuur in Massachusetts, New Hampshire en Maine werden uitgegeven, vertoonden vaak vormgebreken (zo ontbrak bijvoorbeeld een afdruk van het koloniale zegel) en in de meeste gevallen werd geen quit-rent betaald. De landtoekenningen in het koloniale Connecticut en Rhode Island waren gedaan voordat een van beide kolonies een charter had, en er waren tegenstrijdige claims in een aantal gebieden.
De manier waarop Andros de kwestie benaderde was dubbel verdeeld, omdat het een bedreiging vormde voor iedere landeigenaar wiens titel op enigerlei wijze dubieus was. Sommige landeigenaren ondergingen de bekrachtigingsprocedure, maar velen weigerden, omdat zij niet de mogelijkheid wilden lopen hun land te verliezen en zij het proces zagen als een nauwelijks verholen landroof. De puriteinen van Plymouth en Massachusetts Bay behoorden tot deze laatsten, van wie sommigen omvangrijke landbezittingen hadden. Alle bestaande landeigendomsrechten in Massachusetts waren verleend krachtens het inmiddels opgeheven koloniale handvest; Andros verklaarde ze in feite ongeldig en eiste van de landeigenaren dat zij hun eigendom opnieuw zouden certificeren, een vergoeding aan de heerschappij zouden betalen en een quit-rent zouden moeten betalen.
Andros probeerde de certificering van eigendom af te dwingen door het uitvaardigen van intrusion writs, maar grote landeigenaren die veel percelen bezaten, betwistten deze afzonderlijk in plaats van al hun land opnieuw te certificeren. Het aantal nieuwe titels dat tijdens het Andros-regime werd uitgegeven was gering; er werden 200 aanvragen ingediend, maar slechts ongeveer 20 daarvan werden goedgekeurd.
Connecticut charterEdit
Andros’ opdracht omvatte Connecticut, en hij vroeg gouverneur Robert Treat van Connecticut niet lang na zijn aankomst in Boston om de koloniale oorkonde in te leveren. De ambtenaren van Connecticut erkenden Andros’ gezag formeel, in tegenstelling tot Rhode Island, waarvan de ambtenaren wel tot de heerschappij toetraden, maar in feite weinig deden om hem te helpen. Connecticut bleef zijn regering leiden volgens het handvest, met kwartaalvergaderingen van de wetgevende macht en de verkiezing van ambtenaren voor de hele kolonie, terwijl Treat en Andros onderhandelden over de overgave van het handvest. In oktober 1687 besloot Andros uiteindelijk naar Connecticut te reizen om de zaak persoonlijk af te handelen. Hij kwam op 31 oktober in Hartford aan, vergezeld van een erewacht, en had die avond een ontmoeting met de koloniale leiding. Volgens de legende werd het handvest tijdens deze bijeenkomst voor iedereen zichtbaar op tafel gelegd. Het licht in de kamer ging onverwacht uit en toen het weer aanging, was het handvest verdwenen. Het zou zijn verstopt in een nabijgelegen eik (later de Charter Oak genoemd), zodat het document niet kon worden gevonden in nabijgelegen gebouwen.
Wat de waarheid van de legende ook moge zijn, uit Connecticut-documenten blijkt dat de regering die dag formeel haar zegels opgaf en ophield met functioneren. Andros reisde vervolgens door de kolonie, maakte gerechtelijke en andere afspraken, alvorens terug te keren naar Boston. Op 29 december 1687 breidde de heersende raad zijn wetten formeel uit tot Connecticut, waarmee de assimilatie van de kolonies in New England voltooid was.
Opname van New York en de JerseysEdit
Op 7 mei 1688 werden de provincies New York, East Jersey, en West Jersey aan de heerschappij toegevoegd. Omdat ze ver verwijderd waren van Boston, waar Andros zijn zetel had, werden New York en de Jerseys bestuurd door luitenant-gouverneur Francis Nicholson vanuit New York City. Nicholson was een legerkapitein en protegé van de koloniale secretaris William Blathwayt die begin 1687 naar Boston was gekomen als deel van Andros’ eregarde en was bevorderd tot zijn raad. In de zomer van 1688 reisde Andros eerst naar New York en vervolgens naar de Jerseys om zijn commissie op te richten. Het bestuur van de Jerseys werd bemoeilijkt door het feit dat de charters van de eigenaars waren ingetrokken, maar dat zij hun eigendom hadden behouden en Andros verzochten om wat traditionele landrechten waren. De heersersperiode in de Jerseys verliep betrekkelijk rustig vanwege hun afstand tot de machtscentra en het onverwachte einde van de Dominion in 1689.
Indiaanse diplomatieEdit
In 1687 lanceerde gouverneur van Nieuw-Frankrijk Jacques-René de Brisay de Denonville, markies de Denonville, een aanval op Seneca-dorpen in wat nu westelijk New York is. Zijn doel was de handel tussen de Engelsen in Albany en de Iroquois confederatie, waartoe de Seneca behoorden, te verstoren en de Covenant Chain te verbreken, een vrede die Andros in 1677 had gesloten toen hij gouverneur van New York was. De gouverneur van New York, Thomas Dongan, riep om hulp en koning James gaf Andros opdracht om hulp te verlenen. James begon ook onderhandelingen met Louis XIV van Frankrijk, wat resulteerde in een vermindering van de spanningen aan de noordwestelijke grens.
Op de noordoostelijke grens van New England koesterden de Abenaki echter wrok tegen de Engelse kolonisten, en zij begonnen begin 1688 een offensief. Andros maakte begin dat jaar een expeditie naar Maine, waarbij hij een aantal Indiaanse nederzettingen overviel. Hij viel ook de handelspost en het huis van Jean-Vincent d’Abbadie de Saint-Castin aan de Baai van Penobscot binnen. Zijn zorgvuldige instandhouding van de katholieke kapel van Castin was een bron van latere beschuldigingen van “paapse gezindheid” aan het adres van Andros.
Andros nam in augustus 1688 het bestuur van New York over en hij had een ontmoeting met de Iroquois in Albany om het verbond te vernieuwen. Tijdens deze ontmoeting ergerde hij de Irokezen door naar hen te verwijzen als “kinderen” (dat wil zeggen, onderdanig aan de Engelsen) in plaats van “broeders” (dat wil zeggen, gelijken). Hij keerde terug naar Boston te midden van verdere aanvallen op de grens van New England door Abenaki partijen, die toegaven dat zij dit deels deden vanwege de Franse aanmoediging. De situatie in Maine was ook weer verslechterd, met Engelse kolonisten die Indiaanse dorpen overvielen en de gevangenen naar Boston verscheepten. Andros veroordeelde de Mainers voor deze ongerechtvaardigde daad en beval de Indianen vrij te laten en naar Maine terug te keren, waarmee hij zich de haat van de Maine-kolonisten op de hals haalde. Hij keerde terug naar Maine met een aanzienlijke troepenmacht en begon met de bouw van extra fortificaties om de kolonisten te beschermen. Andros overwinterde in Maine, en keerde in maart naar Boston terug toen hij geruchten hoorde over een revolutie in Engeland en ontevredenheid in Boston.