Ongeveer 2000 jaar geleden vestigden mensen zich voor het eerst op Madagaskar. De kolonisten van Madagaskar waren Indonesiërs of mensen van gemengd Indonesisch/Afrikaanse afkomst. Arabische handelaren kwamen rond 800-900 na Christus op het toneel, toen kooplieden handel begonnen te drijven langs de noordkust.
De eerste bekende Europeaan die Madagaskar zag, was een Portugese zeekapitein, Diogo Dias, die het eiland op 10 augustus 1500 ontdekte nadat hij op weg naar India uit koers was geraakt. Hij noemde het eiland St. Lawrence. Later in 1500 probeerden de Portugezen, Fransen, Nederlanders en Engelsen allemaal handelsnederzettingen te vestigen op Madagaskar. Al deze pogingen mislukten door de vijandige omstandigheden en de hevige gevechten van de plaatselijke Malagassische krijgers.
Europeanen kregen voor het eerst voet aan wal op Madagaskar aan het eind van de jaren 1600 toen piraten de oostkust van het eiland beheersten. Deze piraten gebruikten Madagascar als uitvalsbasis voor het aanvallen van schepen die vanuit India goederen naar Europa brachten. In de jaren 1700 ondernamen de Fransen pogingen om militaire posities aan de oostkust te vestigen, maar ook deze mislukten. Aan het begin van de 19e eeuw was de enige nederzetting die de Fransen konden claimen het eiland Sainte Marie.
Tussen stichtten de Sakalava’s van de westkust in de jaren 1700 het eerste koninkrijk van Madagascar. In 1810 stichtten hun rivalen, de Merina, een koninkrijk over het grootste deel van de rest van het eiland. Hun koning, Radama I, knoopte betrekkingen aan met de Britten en stelde het land open voor Engelse missionarissen die het christendom over het hele eiland verspreidden en het Malagasy in een geschreven taal overschreven. Onder Radama’s bewind bracht een miniatuur industriële revolutie industrie naar het eiland. Na Radama’s dood werd hij opgevolgd door zijn weduwe, Ranavalona I, die het land 33 jaar lang terroriseerde door christenen te vervolgen, buitenlanders uit te zetten, politieke rivalen te executeren en de gewoonte om baby’s die op ongelukkige dagen werden geboren te doden, nieuw leven in te blazen. Na haar dood werden de betrekkingen met Europa hersteld.
In 1883 viel Frankrijk Madagascar binnen en in 1896 had het de heerschappij over het eiland gevestigd, dat een Franse kolonie werd. Frankrijk gebruikte Madagaskar als een bron voor hout en exotische specerijen, zoals vanille. De Malagassiërs kwamen twee keer in opstand tegen de Fransen, in 1918 en 1947, maar het land werd pas onafhankelijk op 26 juni 1960.
In 1975 nam Didier Ratsiraka de macht over het land over. Hij regeerde Madagaskar als een dictator totdat hij in 1991 omver werd geworpen als gevolg van een economische ineenstorting. Kort daarna werd hij opnieuw president en regeerde tot hij in 2001 bij omstreden verkiezingen het onderspit delfde. De nieuwe president, Marc Ravalomanana, beloofde het land democratie te brengen. Ravalomanana begon op straat yoghurt te verkopen vanaf de achterbank van zijn fiets, bouwde een zakenimperium op en werd de rijkste man van Madagaskar. Sinds 2005 is hij nog steeds president en gaat het economisch steeds beter.